Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003225`

染色体: Chr05 坐标: 41395430-41397221 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003225`
名称	SmilChr05G003225
描述	uncharacterized SmilChr05G003225
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	41395430 - 41397221 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024465`
GeneID	`131024465`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024465`
原始查询	`LOC131024465`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809955.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057809955.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809955.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809955.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809955.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:41395635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:41395652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr5:41395654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A24,B50,D3
`Chr5:41395669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr5:41395682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr5:41395948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr5:41396015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr5:41396017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,D1
`Chr5:41396024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B4,C44,D3
`Chr5:41396043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B4,C44,D3
`Chr5:41396055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B65,D6
`Chr5:41396176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B23,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953972.1
TATCATATCTCGCCGGGTCAACTCATGCCTAATGTCTGGCGAGTGTTGATGGGTATGCAAGCTTTTGGAGAACTGAAGGGCTTCAAGGTCGATCTTGAAGATGTGTTGTCTACTTACACGGTTCAAGAAAATAACACGGAGAGAGGGCGATACCAGTTATCCCGGGGAAAAAAGCTTCCCGAATTGGTTTGTGGTGTTACGGATTCTGGTTCGGCCTGGAAACATAAATATTTTTTTATGAACTATGATGCCCTTGGCGA...

XM_057953973.1
TATCATATCTCGCCGGGTCAACTCATGCCTAATGTCTGGCGAGTGTTGATGGGTATGCAAGCTTTTGGAGAACTGAAGGGCTTCAAGGTCGATCTTGAAGATGTGTTGTCTACTTACACGGTTCAAGAAAATAACACGGAGAGAGGGCGATACCAGTTATCCCGGGGAAAAAAGCTTCCCGAATTGGTTTGTGGTGTTACGGATTCTGGTTCGGCCTGGAAACATAAATATTTTTTTATGAACTATGATGCCCTTGGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024465
ATGTCGCACCCTAAGATGAATCTTCTTCCAGAAAAGGATAGCTATGAAACTTACTTGAAGATGCGGGAGAAGAAGAAAGCGTCCGGCAGGGGCAAGAAGGGCGGTTCGGGTAGTGAGCCCGTTAGTGAATCCGACGTCCAAGTAGTTGAACCGTCGGGGCGGTCAAAGAGGAAGAAGAAAGCAGCGCCTTTTGAGGTCCCGGACTACTCCGATGGCTCTATCCATCTCACACTTCCTAGTGGGACTTCAGCCCAGACCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809955.1
MSHPKMNLLPEKDSYETYLKMREKKKASGRGKKGGSGSEPVSESDVQVVEPSGRSKRKKKAAPFEVPDYSDGSIHLTLPSGTSAQTDYDSCADHFERLLLEDDRTRMLKVGVVDSASTAARLAFQGYQYTLFMKEQLVEAADQLKVALREQDALRKELEEEKGRYETAEKELRDELSLKSHLISALQSQIGQLEVTLKVREEELQFSHLQTVVLTRGEMMKEFKEGKAGSWNVEKGIREMEDVLRDRAEGVGVVDATTDG...

XP_057809956.1
MSHPKMNLLPEKDSYETYLKMREKKKASGRGKKGGSGSEPVSESDVQVVEPSGRSKRKKKAAPFEVPDYSDGSIHLTLPSGTSAQTDYDSCADHFERLLLEDDRTRMLKVGVVDSASTAARLAFQGYQYTLFMKEQLVEAADQLKVALREQDALRKELEEEKGRYETAEKELRDELSLKSHLISALQSQIGQLEVTLKVREEELQFSHLQTVVLTRGEMMKEFKEGKAGSWNVEKGIREMEDVLRDRAEGVGVVDATTDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器