当前解析结果
SmilChr05G003228| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003228 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003228 |
| 描述 | cytochrome P450 CYP749A22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 41424893 - 41426424 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024468 |
|---|---|
| GeneID | 131024468 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024468 |
| 原始查询 | LOC131024468 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 CYP749A22-like |
| 产物 | cytochrome P450 CYP749A22-like |
| Arabidopsis | AT3G14630 (CYP72A9)cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820691] identity=44.44; qcov=0.635; evalue=8.92e-70; confidence=medium |
| Rice | Os01g0627800- identity=43.83; qcov=0.627; evalue=8.05e-72; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024468 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057809960.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057809960.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:41425108 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A25,B1,B10,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B13,B16,B31,B32,B4,B41,B46,B48,B54,B55,B58,B6,B68,B75,B89,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C50,C56,C67,C76,C85,C87,D10,D11,D4 |
Chr5:41425175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B122,B99,C35 |
Chr5:41425192 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B122,B99,C35 |
Chr5:41425219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A10,B50,C83 |
Chr5:41425219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B50,C83 |
Chr5:41425237 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B112,B36,B59,B66,B76,B89 |
Chr5:41425251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr5:41425260 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:41425370 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 43 | A25,B10,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B13,B16,B31,B32,B4,B40,B41,B46,B48,B54,B55,B58,B68,B75,B83,B89,B94,C15,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C50,C52,C56,C67,C76,C84,C85,C87,D10,D11,D4 |
Chr5:41425383 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A2,C60,C62,C82,D3 |
Chr5:41425383 |
G |
GTA |
2bp_insertion | CDS_variant | 5 | A2,C60,C62,C82,D3 |
Chr5:41425553 |
CTG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A11,A25,B1,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B16,B31,B32,B41,B44,B46,B48,B54,B55,B58,B6,B68,B75,B89,B94,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C54,C56,C67,C85,C87,D10,D11,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809960.1PF00067
p450 145-372 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809960.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 145 | 372 | 5.7e-48 | 164.5 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。