Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003397`

染色体: Chr05 坐标: 45017544-45021125 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003397`
名称	SmilChr05G003397
描述	probable polygalacturonase
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45017544 - 45021125 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024489`
GeneID	`131024489`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024489`
原始查询	`LOC131024489`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable polygalacturonase
产物	probable polygalacturonase
Arabidopsis	`AT4G23820` (AT4G23820) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828482] identity=68.8; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0256100` (OsPGL23) - identity=65.2; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057809980.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057809980.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809980.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809980.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45017950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:45018046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:45018142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr5:45018652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:45020079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B80
`Chr5:45020142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:45020352`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B16,B6,C39,C56,C67
`Chr5:45020352`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B16,B6,C39,C56,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809980.1

452 aa

226

452

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 46-104 aa PF00295 Glyco_hydro_28 141-423 aa

XP_057809982.1

452 aa

226

452

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 46-104 aa PF00295 Glyco_hydro_28 141-423 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809980.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	46	104	1.1e-09	39.2	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057809980.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	141	423	1.2e-42	146.9	Glycosyl hydrolases family 28
`XP_057809982.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	46	104	1.1e-09	39.2	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057809982.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	141	423	1.2e-42	146.9	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953997.1
AAGAAGCAACATTTATAAACAAATTTACGACGCAGTTTATTCTCCAATCTTCATAAATCTCTCCGCAGCGTCTGCCTTATTTCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCCTCTCTCTGTGGAGAAGAAGACAACCACTTGCAGACAGAGAGATTTCTGCTTGCCACTTCAGCTCAAAATGCACGAGAGTGGATTTTCGATTTTCCTATGGTTTGGGATTGCTGTGCTTCTGATAAATTGCTTGGTGTCATCCGTTAACGCTGATGAG...

XM_057953999.1
GCACACGCGCGCGCTCGCACACTCACACAAGTATCCGTTTCTGTGTTTGCTAGCACTACTTTTTTTGTTTACTTCCGTGTGTTGTTTTCTGCCATTTACATCATAACTCTAGCTCAAAATGCACGAGAGTGGATTTTCGATTTTCCTATGGTTTGGGATTGCTGTGCTTCTGATAAATTGCTTGGTGTCATCCGTTAACGCTGATGAGGTGACGTGCTCGGGAATTGTACCAATGAGGCATCGCGATGAGAACATATCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024489
ATGCACGAGAGTGGATTTTCGATTTTCCTATGGTTTGGGATTGCTGTGCTTCTGATAAATTGCTTGGTGTCATCCGTTAACGCTGATGAGGTGACGTGCTCGGGAATTGTACCAATGAGGCATCGCGATGAGAACATATCCATAGCCGATTTTGGAGGTGTAGGTGATGGAGTGACTTTGAACACCAAAGCCTTTCGAGAAGCAATATACAGAATTAAGCATTTGAACAGGACCGGCGGAACTCTTCTCTACATTCCTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809980.1
MHESGFSIFLWFGIAVLLINCLVSSVNADEVTCSGIVPMRHRDENISIADFGGVGDGVTLNTKAFREAIYRIKHLNRTGGTLLYIPSGEYLTGPFNLTSGMTLYLARGAVVKATVDSNQWPLIAPLPSYGRGRERPGGRYMSFIHGDGLHDVIITGENGTIDGQGDGWWNMWRQRTLQYTRPNLVELKNSRHIIISNLTFKNSPFWNIHPVYCSNIVINYLTILAPADSPNTDGIDPDSSTDVCIEDTYISTGDDLVAVK...

XP_057809982.1
MHESGFSIFLWFGIAVLLINCLVSSVNADEVTCSGIVPMRHRDENISIADFGGVGDGVTLNTKAFREAIYRIKHLNRTGGTLLYIPSGEYLTGPFNLTSGMTLYLARGAVVKATVDSNQWPLIAPLPSYGRGRERPGGRYMSFIHGDGLHDVIITGENGTIDGQGDGWWNMWRQRTLQYTRPNLVELKNSRHIIISNLTFKNSPFWNIHPVYCSNIVINYLTILAPADSPNTDGIDPDSSTDVCIEDTYISTGDDLVAVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器