Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003403`

染色体: Chr05 坐标: 45125923-45130142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003403`
名称	SmilChr05G003403
描述	endoglucanase 6-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45125923 - 45130142 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024494`
GeneID	`131024494`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024494`
原始查询	`LOC131024494`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	endoglucanase 6-like
产物	endoglucanase 6-like
Arabidopsis	`AT1G64390` (GH9C2) glycosyl hydrolase 9C2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842747] identity=71.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0220100` (OsCel9A) - identity=58.9; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00759 (Glyco_hydro_9); PF09478 (CBM49)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057809984.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057809984.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057809984.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809984.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809984.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45126301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:45126946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B68,C35,C48
`Chr5:45126967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B31
`Chr5:45128039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:45128082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B80
`Chr5:45128372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B53,C13,C78,C83,D11
`Chr5:45128396`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B82
`Chr5:45128396`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B82
`Chr5:45128399`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B82
`Chr5:45128399`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B82
`Chr5:45128830`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C35
`Chr5:45128830`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809984.1

596 aa

298

596

Glyco_hydro_9

CBM49

PF00759 Glyco_hydro_9 22-475 aa PF09478 CBM49 506-581 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809984.1`	Pfam	`PF00759`	Glyco_hydro_9	Repeat	22	475	1.8e-164	548.9	Glycosyl hydrolase family 9
`XP_057809984.1`	Pfam	`PF09478`	CBM49	Domain	506	581	3.3e-23	82.5	Carbohydrate binding domain CBM49

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954001.1
ATCTCCACCACCTTTCCCTCCAACTCCTCTCTCCATATCACATATATATGCATACACATCTCTTCTCTCATTCTCCCAATCCTTTCGACTTACAAACACTGGCTTGTTTTTTATTCGATATTCAACTTGACGGCCCAAAAAATGGCTGCCTTATTTGTACTAGTAATTTTTTTGCTTTCTCCGGCGGCGATGGCCGGACATGACTACGGCGAAGCTCTAACGAAGAGCATTCTCTTCTTCGAAGCTCAGAGATCCGGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024494
ATGGCTGCCTTATTTGTACTAGTAATTTTTTTGCTTTCTCCGGCGGCGATGGCCGGACATGACTACGGCGAAGCTCTAACGAAGAGCATTCTCTTCTTCGAAGCTCAGAGATCCGGCTACTTGCCCACTGACCAGAGAGTCCAGTGGCGGGGCGATTCCGGCCTGGGCGACGGCAAAATCAGCGGCGTGGATCTTGTGGGAGGGTACTATGATGCCGGAGACAACGTTAAATTTGGACTGCCGATGGCATTCACCGTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809984.1
MAALFVLVIFLLSPAAMAGHDYGEALTKSILFFEAQRSGYLPTDQRVQWRGDSGLGDGKISGVDLVGGYYDAGDNVKFGLPMAFTVTMMSWSIIEYGGQINAGGELQNAVDAVKWGTDYFIKAHPQPYVLYGEVGDGNTDHYCWQRPEDMSTSRAAYKIDADHPGSDLAAETAAAMAAASIVFRPYNSSYSAELLQHAYQLFEFADKYRGKYDSSITVAQKYYRSVSGYTDELLWAAAWLYKATNKEYYLDYLGYNGEAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器