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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002337`

染色体: Chr01 坐标: 40547927-40552522 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002337`
名称	SmilChr01G002337
描述	uncharacterized SmilChr01G002337
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40547927 - 40552522 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024497`
GeneID	`131024497`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024497`
原始查询	`LOC131024497`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=49.6; qcov=0.453; evalue=9.01e-29; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=56.8; qcov=0.957; evalue=6.29e-95; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024497

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809990.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057809990.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057809990.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809990.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809990.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40548184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B85
`Chr1:40548198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B29,B66,C50,C54
`Chr1:40548199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B68,C65
`Chr1:40548207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B38,B68,C65
`Chr1:40548213`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B82,C34,C36,D4
`Chr1:40548240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C9
`Chr1:40548241`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B113,B45,B46,B7,C2
`Chr1:40548241`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B113,B45,B46,B7,C2
`Chr1:40548288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:40548291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:40548292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,C34,C70
`Chr1:40548332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809990.1

254 aa

127

254

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF04827 Plant_tran 6-187 aa PF13359 DDE_Tnp_4 35-179 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809990.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	6	187	2.7e-88	295.6	Plant transposon protein
`XP_057809990.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	35	179	7e-11	42.7	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954007.1
GGACATCACACGCCTTACCTAGATGCACGAGGTGCGACACGGATTTCCCGGGATGCTCGGGAGTCTTGATTGTATGCATTGGGGGTGGAAGAATTGCCCAAAGGCGTGGCACGGCGCCTACACACGCGGGGATCAGGGAGAGCCCACCTTGATATTGGAGGCCGTTGCATCCCACGATTTGTGGATTTGGCATGCCTTTTTTGGTGTCGCTGGTTCGAACAACGACATCAACGTTCTCAACCAGTCGCCTCTCTTCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024497
ATGCACGAGGTGCGACACGGATTTCCCGGGATGCTCGGGAGTCTTGATTGTATGCATTGGGGGTGGAAGAATTGCCCAAAGGCGTGGCACGGCGCCTACACACGCGGGGATCAGGGAGAGCCCACCTTGATATTGGAGGCCGTTGCATCCCACGATTTGTGGATTTGGCATGCCTTTTTTGGTGTCGCTGGTTCGAACAACGACATCAACGTTCTCAACCAGTCGCCTCTCTTCGCCGACGTGTTGGATGGAACTGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809990.1
MHEVRHGFPGMLGSLDCMHWGWKNCPKAWHGAYTRGDQGEPTLILEAVASHDLWIWHAFFGVAGSNNDINVLNQSPLFADVLDGTAPPVLFQANHRYYQMGYYLCDGIYPEWRCFVKSPPMATNQKEARFKKMQESARKDVERAFGVLQARWGIIRSPARNWYLEHLRDIMLCCIILHNMIVEHEGEGATNWRDDDAGHGASSSDSTESGRATPVSFEEYVQRDALLRDRQLHAALQYDLMEHVWARFGSLGPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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