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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003407`

染色体: Chr05 坐标: 45174502-45177904 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003407`
名称	SmilChr05G003407
描述	probable RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45174502 - 45177904 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024499`
GeneID	`131024499`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024499`
原始查询	`LOC131024499`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
产物	probable RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
Arabidopsis	`AT5G22100` (AT5G22100) RNA cyclase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832271] identity=58.2; qcov=0.908; evalue=2.42e-136; confidence=high
Rice	`Os03g0833700` - identity=54.5; qcov=0.903; evalue=1.1e-139; confidence=high
GO	GO:0000479 (endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0004521 (RNA endonuclease activity); GO:0005730 (nucleolus); GO:0042254 (ribosome biogenesis)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01137 (RTC); PF05189 (RTC_insert)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809987.1`
2	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057809987.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057809987.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809987.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45174673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B136,C33
`Chr5:45174693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B68,C35,C48,D11
`Chr5:45174794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr5:45175133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr5:45175146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B68,C35,C48
`Chr5:45175193`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B136,B35,D11
`Chr5:45175395`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D9
`Chr5:45175395`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D9
`Chr5:45175430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr5:45175446`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B107,B48,B65,B71,B93
`Chr5:45175446`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B107,B48,B65,B71,B93
`Chr5:45175748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809987.1

414 aa

207

414

RTC

RTC_insert

PF01137 RTC 45-388 aa PF05189 RTC_insert 225-334 aa

XP_057809988.1

414 aa

207

414

RTC

RTC_insert

PF01137 RTC 45-388 aa PF05189 RTC_insert 225-334 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809987.1`	Pfam	`PF01137`	RTC	Domain	45	388	1.5e-50	172.2	RNA 3'-terminal phosphate cyclase
`XP_057809987.1`	Pfam	`PF05189`	RTC_insert	Domain	225	334	1.5e-24	87.1	RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain
`XP_057809988.1`	Pfam	`PF01137`	RTC	Domain	45	388	1.5e-50	172.2	RNA 3'-terminal phosphate cyclase
`XP_057809988.1`	Pfam	`PF05189`	RTC_insert	Domain	225	334	1.5e-24	87.1	RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954005.1
CCCTACTGTTGTGCGGCTATCGTTTCTGCTATATATCTCTCACGTCTGCCCTCGCCGGCTTTTCCTCTCTCCTTTCTGCTCGTTCAGCCTTCCCCGCCCAGCCTTCTCCGACCTTGGCGCCTGCGTCAGAAGCAGTCCAACAGATATGCGGTTGAAAAGGTTGAAGAAGGAAGATAAATTTTCAGATATGCGGTTGAAAGTTTGTCGAAGAGGGAAGGAGGAAAATCGGCGCCAAATTAAGTACAAGGTGAGCCAAAATC...

XM_057954004.1
CCCTACTGTTGTGCGGCTATCGTTTCTGCTATATATCTCTCACGTCTGCCCTCGCCGGCTTTTCCTCTCTCCTTTCTGCTCGTTCAGCCTTCCCCGCCCAGCCTTCTCCGACCTTGGCGCCTGCGTCAGAAGCAGTCCAACAGTTGAAACACTGAATTGGATTTCCAGATATGCGGTTGAAAAGGTTGAAGAAGGAAGATAAATTTTCAGATATGCGGTTGAAAGTTTGTCGAAGAGGGAAGGAGGAAAATCGGCGCCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024499
ATGCGGTTGAAAAGGTTGAAGAAGGAAGATAAATTTTCAGATATGCGGTTGAAAGTTTGTCGAAGAGGGAAGGAGGAAAATCGGCGCCAAATTAAGTACAAGGTGAGCCAAAATCAGCCGAAAGAAATTAAGAAGTTTAAAGGTAGCCAGAATTTGAGGATGAGACTCCTTCTGTCGACGCTAACTCATACGCCGATTGAGATCACCGACATTCGCACCGATGGGGATGGGGTCCAAGTTGGACTCCGCCCCTACGAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809987.1
MRLKRLKKEDKFSDMRLKVCRRGKEENRRQIKYKVSQNQPKEIKKFKGSQNLRMRLLLSTLTHTPIEITDIRTDGDGVQVGLRPYEVSLLRLLMLLSNNCYYEINDTGTKVEYKPGTLMGGRHLVYNCGQDRAIGYFLEPLLILALYGRNQLSIDLIGITNDSRDPSVDTFRSTTIPLLKRFGIPSESLDLKIKSRGVPPKGGGKVELSISPIMQNTLKALTWIDTGLVKSIRGLTFSARVSAQFEHKILQAARGILKPF...

XP_057809988.1
MRLKRLKKEDKFSDMRLKVCRRGKEENRRQIKYKVSQNQPKEIKKFKGSQNLRMRLLLSTLTHTPIEITDIRTDGDGVQVGLRPYEVSLLRLLMLLSNNCYYEINDTGTKVEYKPGTLMGGRHLVYNCGQDRAIGYFLEPLLILALYGRNQLSIDLIGITNDSRDPSVDTFRSTTIPLLKRFGIPSESLDLKIKSRGVPPKGGGKVELSISPIMQNTLKALTWIDTGLVKSIRGLTFSARVSAQFEHKILQAARGILKPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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