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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003412`

染色体: Chr05 坐标: 45305308-45314978 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003412`
名称	SmilChr05G003412
描述	putative RING-H2 finger protein ATL21A
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45305308 - 45314978 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024502`
GeneID	`131024502`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024502`
原始查询	`LOC131024502`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative RING-H2 finger protein ATL21A
产物	putative RING-H2 finger protein ATL21A
Arabidopsis	`AT5G53110` (AT5G53110) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835391] identity=43.6; qcov=0.87; evalue=5.03e-88; confidence=medium
Rice	`Os01g0736600` - identity=39.1; qcov=0.234; evalue=1.88e-15; confidence=weak
GO	GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF13947 (GUB_WAK_bind); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024502

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057809993.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809993.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809993.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809993.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809993.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45305452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr5:45305709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B48,B65,B71,B93
`Chr5:45305735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr5:45305737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:45305787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B132,C53,C9
`Chr5:45314177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr5:45314308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:45314321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:45314349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:45314387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:45314521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr5:45314637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809993.1

393 aa

196

393

GUB_WAK_bind

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

PF13947 GUB_WAK_bind 28-94 aa PF12678 zf-rbx1 320-365 aa PF13639 zf-RING_2 321-365 aa PF17123 zf-RING_11 323-351 aa PF00097 zf-C3HC4 323-364 aa PF13923 zf-C3HC4_2 323-364 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	28	94	3.6e-18	66.4	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	320	365	3.8e-10	40.6	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	321	365	5.7e-14	52.8	Ring finger domain
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	323	351	4.1e-09	36.7	RING-like zinc finger
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	323	364	2.6e-07	31.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057809993.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	323	364	9.9e-08	32.4	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954010.1
TGTAAGATCAAGTGTCATTTTCTTTTGAATAGAAATTCCCCCAACCCCACGGCCCCACTCCACCCATATTTTTGTAGATTCATTTAGCTGCTGCCATTAACAGACTAATACCTCAAAAACTCAATGGCAAAAGCAACACAATTTCTCATAATCATAATCCTCCTCCTCCTCACACTCACAGCCCCGGTTCAACCCGCCGGTCCATGCAAAACGGATTCATGCCACCCCAGTCGCGGGCCCAGAGTCCGGTTCCCATTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024502
ATGGCAAAAGCAACACAATTTCTCATAATCATAATCCTCCTCCTCCTCACACTCACAGCCCCGGTTCAACCCGCCGGTCCATGCAAAACGGATTCATGCCACCCCAGTCGCGGGCCCAGAGTCCGGTTCCCATTCCGGCTCCGAGGCCGGCAGCCGGCCCGGTGCGGGTACCCGGGCTTCAACCTCCGCTGCAACAGCCGCAACCAAACGATCCTCACGCTCCCGCGATCGGGCGATTTCATCGTCCGACACATCGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809993.1
MAKATQFLIIIILLLLTLTAPVQPAGPCKTDSCHPSRGPRVRFPFRLRGRQPARCGYPGFNLRCNSRNQTILTLPRSGDFIVRHIDYKASAVYIGDTGFCLPGRALNFSVASSPFDATYLESFGILNCSDGLTDDVRMGNYYVVLPCLTTRNNTVVAVAEDFPDELVPPPCRRAGNVSVPPWTFSEFYWGSMGPEENFELRWSRPACGRCESRAGRCGFKEDSGFEVGCSKSSGLPRGAKYAVIIGGGVPGLLCMIGLTC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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