Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003426

染色体: Chr05 坐标: 45494925-45499294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003426
名称SmilChr05G003426
描述GDSL esterase/lipase At4g10955
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向45494925 - 45499294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024516
GeneID131024516
locus_tag-
NCBI NameLOC131024516
原始查询LOC131024516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At4g10955
产物GDSL esterase/lipase At4g10955
ArabidopsisAT4G10955 (AT4G10955)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826695]
identity=58; qcov=0.997; evalue=3.32e-150; confidence=high
RiceOs02g0286200
-
identity=57.3; qcov=0.966; evalue=4.39e-147; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057810004.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057810004.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810004.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810004.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810004.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:45497506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr5:45498436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr5:45498575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:45498709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B7,C11,C69,D11
Chr5:45498781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B44
Chr5:45498868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B31
Chr5:45498940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C62,C82
Chr5:45499002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B40,C33
Chr5:45499105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C62,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810004.1
356 aa
N
1
178
356
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 154-192 aa
XP_057810005.1
356 aa
N
1
178
356
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 154-192 aa
XP_057810006.1
356 aa
N
1
178
356
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 154-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810004.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 154 192 1.1e-06 29.3 Lipase (class 3)
XP_057810005.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 154 192 1.1e-06 29.3 Lipase (class 3)
XP_057810006.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 154 192 1.1e-06 29.3 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954023.1
ATTTATGTATGTAAAATGTTGATGTGAAATCGGGTGAATTCCCTTGATTTCAGACCATATCAATAGTCGATCGGAACGACGTCGTTGGAGTTGGAGTTGGCCGAGGTGAACGCCTCCACCCGCACTAGTCGAGCACGGTTAAGGAAAACTTGTACAGAAATCATGGATCTACATCTACTACGTCATAATTGAACGAATCCATAAATATCACGACGCCGACACTTCACCTCCTTCCCTCTCCCCTTTCTCTCACTTCTTTT...
XM_057954022.1
AATTCCCTTGATTTCAGACCATATCAATAGTCGATCGGAACGACGTCGTTGGAGTTGGAGTTGGCCGAGGTGAACGCCTCCACCCGCACTAGTCGAGCACGGTTAAGGAAAACTTGTACAGAAATCATGGATCTACATCTACTACGTCATAATTGAACGAATCCATAAATATCACGACGCCGACACTTCACCTCCTTCCCTCTCCCCTTTCTCTCACTTCTTTTTCGTTTCTACATAGAGAAAGAGGGATAACTTAAGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131024516
ATGGCATCAGAAACGGCTATCGTTAAAGTTTCAGAACCCACCATATCAGAAAGAGAAAATTTTGATCTATCCGGACCTGTGTACCTGACAACAGTTGATTGGACAAATCCGTGTGATCGAAGGTCCGTTGCAGCTAGTTTGGTTCAGGGTGTTTATATTTTGGAACGAGACCGCCAAGAGAAACGAGAGGGGAGCCAAGCGCTTGCGCCTCCTTGGTGGAAGGCTTTTAATTTTGAGTTGTACAGGCAGCTTATCGATGA...
LOC131024516
ATGGCATCAGAAACGGCTATCGTTAAAGTTTCAGAACCCACCATATCAGAAAGAGAAAATTTTGATCTATCCGGACCTGTGTACCTGACAACAGTTGATTGGACAAATCCGTGTGATCGAAGGTCCGTTGCAGCTAGTTTGGTTCAGGGTGTTTATATTTTGGAACGAGACCGCCAAGAGAAACGAGAGGGGAGCCAAGCGCTTGCGCCTCCTTGGTGGAAGGCTTTTAATTTTGAGTTGTACAGGCAGCTTATCGATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810004.1
MASETAIVKVSEPTISERENFDLSGPVYLTTVDWTNPCDRRSVAASLVQGVYILERDRQEKREGSQALAPPWWKAFNFELYRQLIDDADSCIFGAIYKLSSTSPDDQHPAQAPRYVVAFRGTITKGDAFMRDLELDIHIIRNGLHQTSRFEIAIQAVRHVVATFGSSNIWIAGHSLGAAMALLAGKNMAKSGVLLDAFLFNPPFFSAPIERIKDKKVKHGLRFAGSVITAGLALAMKSNQQAHRSGGTFVALAAWLPHLF...
XP_057810005.1
MASETAIVKVSEPTISERENFDLSGPVYLTTVDWTNPCDRRSVAASLVQGVYILERDRQEKREGSQALAPPWWKAFNFELYRQLIDDADSCIFGAIYKLSSTSPDDQHPAQAPRYVVAFRGTITKGDAFMRDLELDIHIIRNGLHQTSRFEIAIQAVRHVVATFGSSNIWIAGHSLGAAMALLAGKNMAKSGVLLDAFLFNPPFFSAPIERIKDKKVKHGLRFAGSVITAGLALAMKSNQQAHRSGGTFVALAAWLPHLF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器