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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002339`

染色体: Chr01 坐标: 40562384-40566402 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002339`
名称	SmilChr01G002339
描述	GTP-binding protein YPTM2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40562384 - 40566402 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024517`
GeneID	`131024517`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024517`
原始查询	`LOC131024517`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GTP-binding protein YPTM2
产物	GTP-binding protein YPTM2
Arabidopsis	`AT4G17530` (RAB1C) RAB GTPase homolog 1C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827468] identity=90.6; qcov=1; evalue=5.09e-140; confidence=high
Rice	`Os01g0179700` (OsRab1C1) - identity=91.6; qcov=1; evalue=1.05e-143; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding)
KEGG	-
Pfam	PF00009 (GTP_EFTU); PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF04670 (Gtr1_RagA); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057810014.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057810014.1`
3	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057810014.1`
4	Endosome	内体	1.00000	`XP_057810014.1`
5	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057810014.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40562874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B77,C25,C34
`Chr1:40562875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B61,B65,C15
`Chr1:40562888`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	48	A13,A19,A3,A9,B109,B111,B118,B119,B120,B134,B138,B139,B17,B34,B36,B37,B44,B47,B54,B57,B58,B6,B60,B61,B65,B68,B72,B78,B80,B86,B9,C10,C26,C27,C3,C40,C42,C51,C59,C6,C67,C7,C79,C81,C82,C84,D2,D6
`Chr1:40563835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810008.1

213 aa

106

213

Arf

Roc

Gtr1_RagA

Ras

MMR_HSR1

GTP_EFTU

PF00025 Arf 9-132 aa PF08477 Roc 10-124 aa PF04670 Gtr1_RagA 10-130 aa PF00071 Ras 10-170 aa PF01926 MMR_HSR1 11-122 aa PF00009 GTP_EFTU 45-165 aa

XP_057810014.1

203 aa

102

203

Arf

Roc

Gtr1_RagA

Ras

MMR_HSR1

GTP_EFTU

PF00025 Arf 9-132 aa PF08477 Roc 10-124 aa PF04670 Gtr1_RagA 10-130 aa PF00071 Ras 10-170 aa PF01926 MMR_HSR1 11-122 aa PF00009 GTP_EFTU 45-165 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	9	132	8.6e-17	61.9	ADP-ribosylation factor family
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	10	124	3.2e-37	128.1	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF04670`	Gtr1_RagA	Domain	10	130	8.9e-05	22.7	Gtr1/RagA G protein conserved region
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	10	170	2e-69	233.0	Ras family
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	11	122	1.5e-05	25.8	50S ribosome-binding GTPase
`XP_057810008.1`	Pfam	`PF00009`	GTP_EFTU	Domain	45	165	8.7e-07	29.4	Elongation factor Tu GTP binding domain
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	9	132	7.1e-17	62.1	ADP-ribosylation factor family
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	10	124	2.8e-37	128.3	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF04670`	Gtr1_RagA	Domain	10	130	7.9e-05	22.9	Gtr1/RagA G protein conserved region
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	10	170	1.8e-69	233.2	Ras family
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	11	122	1.2e-05	26.1	50S ribosome-binding GTPase
`XP_057810014.1`	Pfam	`PF00009`	GTP_EFTU	Domain	45	165	6.9e-07	29.7	Elongation factor Tu GTP binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954031.1
AACGAAATATCGGGATAATAACTACAACTAACCAAGCAAATACGTAAAGTGAATGGCACGCGGCAAGCACTACTATGGTTGCCACGTCACCCCTACAGTTGCGACATTGTAGGCTTCCCCCTTTTAACTTGTTCCTCATTCTCTACTTTCATCGCTCAAATTCCCTCTTTATAGAATCGTTGCCGGGAAAATTGAATTTTACCCTTAATTCTCACTCTCCGATCATCTTCACTATTCAGCTTTTGCGCCGGCCATGAATC...

XM_057954025.1
ATGGCACGCGGCAAGCACTACTATGGTTGCCACGTCACCCCTACAGTTGCGACATTGTAGGCTTCCCCCTTTTAACTTGTTCCTCATTCTCTACTTTCATCGCTCAAATTCCCTCTTTATAGAATCGTTGCCGGGAAAATTGAATTTTACCCTTAATTCTCACTCTCCGATCATCTTCACTATTCAGCTTTTGCGCCGGCCATGAATCCAGAATACGACTACCTATTTAAGCTTTTGCTGATTGGAGATTCCGGTGTTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024517
ATGAATCCAGAATACGACTACCTATTTAAGCTTTTGCTGATTGGAGATTCCGGTGTTGGGAAATCATGTCTTCTTCTGAGGTTTGCTGATGACTCGTATCTTGAGAGTTACATTAGTACCATTGGTGTAGACTTCAAAATCCGCACGGTGGAGCAGGATGGGAAAACGATTAAGCTGCAAATATGGGATACTGCTGGACAGGAACGCTTTAGGACAATTACTAGCAGTTACTACCGCGGTGCTCATGGCATCATTGTAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810008.1
MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLESYISTIGVDFKIRTVEQDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLNEIDRYASDNVNKLLVGNKCDLTSQKVVSTETAQAFADEIGIPFMETSAKNATNVEQAFMAMSASIKNRYTFSYRTDCMHGNFKMIYLTYLYPTFAIDFLYRVNIHTYAH

XP_057810014.1
MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLESYISTIGVDFKIRTVEQDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLNEIDRYASDNVNKLLVGNKCDLTSQKVVSTETAQAFADEIGIPFMETSAKNATNVEQAFMAMSASIKNRMASQPAMNNVRPPSVQIRGQPVNQKSGCCST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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