Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003431`

染色体: Chr05 坐标: 45546377-45548537 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003431`
名称	SmilChr05G003431
描述	calcineurin B-like protein 7
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45546377 - 45548537 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024521`
GeneID	`131024521`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024521`
原始查询	`LOC131024521`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calcineurin B-like protein 7
产物	calcineurin B-like protein 7
Arabidopsis	`AT5G24270` (SOS3) Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832494] identity=52.9; qcov=1; evalue=8.4e-82; confidence=high
Rice	`Os02g0291000` (OsCBL7) - identity=53.4; qcov=1; evalue=3.84e-83; confidence=high
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0019722 (calcium-mediated signaling); GO:0019900 (kinase binding)
KEGG	-
Pfam	PF13202 (EF-hand_5); PF13499 (EF-hand_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057810010.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057810010.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810010.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810010.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810010.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45547653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B136,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810010.1

206 aa

103

206

EF-hand_5

EF-hand_7

EF-hand_5

PF13202 EF-hand_5 71-92 aa PF13499 EF-hand_7 105-174 aa PF13202 EF-hand_5 151-174 aa

XP_057810011.1

206 aa

103

206

EF-hand_5

EF-hand_7

EF-hand_5

PF13202 EF-hand_5 71-92 aa PF13499 EF-hand_7 105-174 aa PF13202 EF-hand_5 151-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810010.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	71	92	2.5e-12	46.4	EF hand
`XP_057810010.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	105	174	1.2e-13	51.8	EF-hand domain pair
`XP_057810010.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	151	174	2.5e-12	46.4	EF hand
`XP_057810011.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	71	92	2.5e-12	46.4	EF hand
`XP_057810011.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	105	174	1.2e-13	51.8	EF-hand domain pair
`XP_057810011.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	151	174	2.5e-12	46.4	EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954028.1
AGAACAGGATTATTTGATATTCTCCTTATATATAAAAGTCGTATTTAAAAGCAGAGCACAAAGTACTACTCTCTCTAGACTGTAATGGGCTGTGTTTGCAACAAGCAACGCCCACAAATATTTGAAGATCCATCTCTTCTCTCCTCTCAAACTAGATTTACCGCAAAAGAGATCAAGAAATTGAATGAGCTATTCAGAAAACTTGGCAGCACCTTAGTCGACGATGGCTTCCTCAATAGAGAAGAGTTTAAACTCGGATT...

XM_057954027.1
AGAACAGGATTATTTGATATTCTCCTTATATATAAAAGTCGTATTTAAAAGCAGAGCACAAAGTACTACTCTCTCTAGACTGTAATGGGCTGTGTTTGCAACAAGCAACGCCCACAAATATTTGAAGATCCATCTCTTCTCTCCTCTCAAACTAGATTTACCGCAAAAGAGATCAAGAAATTGAATGAGCTATTCAGAAAACTTGGCAGCACCTTAGTCGACGATGGCTTCCTCAATAGAGAAGAGTTTAAACTCGGATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024521
ATGGGCTGTGTTTGCAACAAGCAACGCCCACAAATATTTGAAGATCCATCTCTTCTCTCCTCTCAAACTAGATTTACCGCAAAAGAGATCAAGAAATTGAATGAGCTATTCAGAAAACTTGGCAGCACCTTAGTCGACGATGGCTTCCTCAATAGAGAAGAGTTTAAACTCGGATTGTTTCAGGACAGCAAGCAGCAGTCTGTTGTAGCAGATAGGTTGTTTGATATGTTCGACTCGAAGCACGACGGCGTGATAGATTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810010.1
MGCVCNKQRPQIFEDPSLLSSQTRFTAKEIKKLNELFRKLGSTLVDDGFLNREEFKLGLFQDSKQQSVVADRLFDMFDSKHDGVIDFGEFIRSLSIFHPDTPQEDKAVFAFHLYDIWQTGYIEKEEVKEMILELLKESSLILSDDIIEAIIDKTFEEVDTERDGKIDMEEWKEFAARKPSLLRNMTIPYLKDLSTAFPSFEMRSER

XP_057810011.1
MGCVCNKQRPQIFEDPSLLSSQTRFTAKEIKKLNELFRKLGSTLVDDGFLNREEFKLGLFQDSKQQSVVADRLFDMFDSKHDGVIDFGEFIRSLSIFHPDTPQEDKAVFAFHLYDIWQTGYIEKEEVKEMILELLKESSLILSDDIIEAIIDKTFEEVDTERDGKIDMEEWKEFAARKPSLLRNMTIPYLKDLSTAFPSFEMRSER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器