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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002340

染色体: Chr01 坐标: 40570671-40573529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002340
名称SmilChr01G002340
描述uncharacterized SmilChr01G002340
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40570671 - 40573529 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024529
GeneID131024529
locus_tag-
NCBI NameLOC131024529
原始查询LOC131024529

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240444]; symbol=AT2G35658; hit=AT2G35658; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240444]; symbol=AT2G35658; hit=AT2G35658; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G35658 (AT2G35658)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240444]
identity=45.4; qcov=1.05; evalue=2.51e-19; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024529

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057810023.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057810023.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057810035.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810023.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810023.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40571011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B91
Chr1:40571020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:40571023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B91
Chr1:40571057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:40573094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B138,B9,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954040.1
TATGATGTGAAAATAAAAAGTTACAAAGTTGGAGAAGAGAAAAAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAAAAAGAGAGGAAAGTGCGTGATTTTGGCGCGGGACGGCGCCGTTTGGGAGACGCATCTGAATATTTTAGTGTCTCCTGCCGACTGATGAGTGGTTTCAGAGTTGACCAATCCGACGCCATTTACATCTTCCCCACCAAACCAAAATTCTACTCTGAAACTTCCCCAAATTCTCAAATTCCTAGCTGAAGATGTAC...
XM_057954048.1
TATGATGTGAAAATAAAAAGTTACAAAGTTGGAGAAGAGAAAAAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAAAAAGAGAGGAAAGTGCGTGATTTTGGCGCGGGACGGCGCCGTTTGGGAGACGCATCTGAATATTTTAGTGTCTCCTGCCGACTGATGAGTGGTTTCAGAGTTGACCAATCCGACGCCATTTACATCTTCCCCACCAAACCAAAATTCTACTCTGAAACTTCCCCAAATTCTCAAATTCCTAGCTGAAGATGTAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131024529
ATGTACCGCTCCGGGAGCTCGACCCGCGTCTCCGACGAGTTTTTCTCCAGCCCATCTTCAGCAGCAGATGTTGAACAGCAGCAACAGCAGCAGCTGCAGCAGCTTCTTCCCACGTACAACCCGGAATCCCACCTCGCCAAGAAGGAGCGTGTTCGCCTCAGATCCGCCGAGGCCGCCGTCCACCTCATCCCTATTATGCTCATCATCTGTGCCGTCATCTTGTGGTTCTTCTCTGCTCCAGTAGATTTGGCAAATAAAGG...
LOC131024529
ATGTACCGCTCCGGGAGCTCGACCCGCGTCTCCGACGAGTTTTTCTCCAGCCCATCTTCAGCAGCAGATGTTGAACAGCAGCAACAGCAGCAGCTGCAGCAGCTTCTTCCCACGTACAACCCGGAATCCCACCTCGCCAAGAAGGAGCGTGTTCGCCTCAGATCCGCCGAGGCCGCCGTCCACCTCATCCCTATTATGCTCATCATCTGTGCCGTCATCTTGTGGTTCTTCTCTGCTCCAGATTTGGCAAATAAAGGTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810023.1
MYRSGSSTRVSDEFFSSPSSAADVEQQQQQQLQQLLPTYNPESHLAKKERVRLRSAEAAVHLIPIMLIICAVILWFFSAPVDLANKGDSIAVRVRV
XP_057810031.1
MYRSGSSTRVSDEFFSSPSSAADVEQQQQQQLQQLLPTYNPESHLAKKERVRLRSAEAAVHLIPIMLIICAVILWFFSAPDLANKGDSIAVRVRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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