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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003508`

染色体: Chr05 坐标: 46843893-46845789 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003508`
名称	SmilChr05G003508
描述	uncharacterized SmilChr05G003508
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	46843893 - 46845789 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024552`
GeneID	`131024552`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024552`
原始查询	`LOC131024552`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=32.2; qcov=0.59; evalue=1.03e-37; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=28.2; qcov=0.322; evalue=2.44e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2); PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810051.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810051.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810051.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810051.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810051.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:46844212`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A24,A25,A5,B101,B103,B106,B119,B130,B139,B23,B24,B25,B45,B57,B63,B70,B90,B92,B95,C10,C2,C63,C74,C75,C82,D4
`Chr5:46844237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:46844240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A14,B31,B59,B83
`Chr5:46844251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B76,B78,C15,C85
`Chr5:46844355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr5:46844366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B24,B47,C79,D10
`Chr5:46844369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr5:46844391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,D10
`Chr5:46844395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B114,B33
`Chr5:46844414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr5:46844420`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	22	A24,A6,A9,B139,B38,B52,B6,B72,B73,B84,C11,C18,C33,C55,C62,C64,C69,C80,C83,C86,D7,D9
`Chr5:46844444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A13,A25,B11,B90,B92,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810051.1

385 aa

192

385

Retrotran_gag_3

Retrotran_gag_2

PF14244 Retrotran_gag_3 26-71 aa PF14223 Retrotran_gag_2 51-159 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810051.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	26	71	3.9e-19	68.9	Gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057810051.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	51	159	4.8e-10	40.2	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954068.1
AGTTGTGAAATTTCTCATGTTATTTCCCCTTCTATTTTTATCTCTCATGCGTACAGCACGTGAACTTCACTCTCTGAGTTTATTATCTTTTATTGTTTTTCTGCTTTAGTAGTTGGATACTCGTGTGAGCTTACACGCTTTACTGCTCACCTACTTTGTGTGATAGCTTTTGTATAAAGTTGCAGCTTCCTTTGTAAGCTAGTTTATCAAGAACAAGAGTTTTACTTCCTTCTTCTTCTTCTTTATGTTTTTTCTGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024552
ATGGCTCCCCCCAAGCCACAGAATGTTCCTCCTCTCCCTCCTCACGAGGATTCATCTAATCCACTCTACCTATCACATAGTGATAATCCCGGTGTTCAGCTCGTTACGCAGCAGCTCACTGGATCTAATTACTCCAGTTGGTATCGTTCGATGACCACGGCGCTTATGGCGAAAAACAAGCTGGCCTTCGTCGATGGAACTATTGAGCGGCCACATCCAACTGAAAACACTTACGCGCAGTGGATGCGTTGCAACAGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810051.1
MAPPKPQNVPPLPPHEDSSNPLYLSHSDNPGVQLVTQQLTGSNYSSWYRSMTTALMAKNKLAFVDGTIERPHPTENTYAQWMRCNSMVVSWIRNSVIPEISSSVMYIDDARLIWNDLNDRFSQGNLARICQLKQQLHNLKQGSEDVGSYFTKLRIIWDEYKDFQPNRWCTCDTCRCHSSKKWNEYQMQECSMQFLIGLNSSFSQIRSQIISMTPFPSLSRIFALVSQEERQRVIESVPPMTQFNVESSGSIVNATGYARG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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