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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002343

染色体: Chr01 坐标: 40577472-40582546 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002343
名称SmilChr01G002343
描述uncharacterized SmilChr01G002343
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40577472 - 40582546 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024564
GeneID131024564
locus_tag-
NCBI NameLOC131024564
原始查询LOC131024564

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0563400; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os10g0563400; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G17540 (AT4G17540)
dynamin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827469]
identity=41.6; qcov=0.921; evalue=2.76e-25; confidence=medium
RiceOs10g0563400
-
identity=40.4; qcov=0.908; evalue=6.4e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057810064.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057810071.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057810064.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057810071.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057810071.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40578884 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A1,B10,B114,B122,B132,B19,B26,B28,B30,B53,B74,B80,C22,C28,C39,C4,C46,C50,C51,C55,C60,C84
Chr1:40578987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B30,B53,C39,C4
Chr1:40579652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B100,B61,B65
Chr1:40579715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:40579718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C71
Chr1:40579824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C61
Chr1:40579910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954081.1
TGTTTCCTCGAAAAAAAAAAGTTAAATAAGTGCTGCAGCCTGTTTTAGCTACAGAAAACGAAACAAAGAAAAGTAAGTTAAAATGGCGACCAAAGGAGCCGCCGGCGACGGCGGCAGGGGCGACAGTCGAGTCATTTACACGGGCAATAAAAAGGAAAGGAGAGCGTTGAGGTTAGAGAATCCGTTTACTTTAAAAGTGGGTCAAGTATTCACCGGTTTTGGAGTCGGTTGTGGTGTTGGCATTGGCATCGGTCGCCCTA...
XM_057954088.1
GTGCAATACCAGTATTGGGCCAAGTCATGAGTGCCACTAGGGGAGCAACTGATGTATTTTCTGGTGTGCAAAGACATGTCAATAATTCTGTATGTGTTTCAGCTAAAGAAAGTCGGTGCAAAGAACATTGAAGCGGGTATTGGCTGTGGAGTGGGTTTCGGCCATGGATTTGGAGTTGGCCTTGCTGTGAAGCCTAGTGTGCTGCATCAGATACAGTCACAATTTTTACAAGTGGCAACACTTGTGATGGAAAGACTTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024564
ATGGCGACCAAAGGAGCCGCCGGCGACGGCGGCAGGGGCGACAGTCGAGTCATTTACACGGGCAATAAAAAGGAAAGGAGAGCGTTGAGGTTAGAGAATCCGTTTACTTTAAAAGTGGGTCAAGTATTCACCGGTTTTGGAGTCGGTTGTGGTGTTGGCATTGGCATCGGTCGCCCTATAAATTTAGGTGCAATACCAGTATTGGGCCAAGTCATGAGTGCCACTAGGGGAGCAACTGATGTATTTTCTGGTGTGCAAAG...
LOC131024564
ATGTATTTTCTGGTGTGCAAAGACATGTCAATAATTCTGTATGTGTTTCAGCTAAAGAAAGTCGGTGCAAAGAACATTGAAGCGGGTATTGGCTGTGGAGTGGGTTTCGGCCATGGATTTGGAGTTGGCCTTGCTGTGAAGCCTAGTGTGCTGCATCAGATACAGTCACAATTTTTACAAGTGGCAACACTTGTGATGGAAAGACTTGGAATAGATTCCAGTTCTACCCTGTCTGTTAATCAAGGGATGGTTTCCCCTCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810064.1
MATKGAAGDGGRGDSRVIYTGNKKERRALRLENPFTLKVGQVFTGFGVGCGVGIGIGRPINLGAIPVLGQVMSATRGATDVFSGVQRHVNNSLKKVGAKNIEAGIGCGVGFGHGFGVGLAVKPSVLHQIQSQFLQVATLVMERLGIDSSSTLSVNQGMVSPPSLQSGKSMVDEASYENRSMTQLAKSSSNNRNGTALFSPEGTLAPTSAATDTKSTSRTERVLNNFLQNLKEEGSSSQEQARASHLENKVLQMVLKHQVL...
XP_057810071.1
MYFLVCKDMSIILYVFQLKKVGAKNIEAGIGCGVGFGHGFGVGLAVKPSVLHQIQSQFLQVATLVMERLGIDSSSTLSVNQGMVSPPSLQSGKSMVDEASYENRSMTQLAKSSSNNRNGTALFSPEGTLAPTSAATDTKSTSRTERVLNNFLQNLKEEGSSSQEQARASHLENKVLQMVLKHQVLIEELMQENDKLRQILVDELKVEPSRLQSSATSRSKSSCNECFECRRRQRRRSNFA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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