Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003489`

染色体: Chr05 坐标: 46381560-46381922 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003489`
名称	SmilChr05G003489
描述	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	46381560 - 46381922 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024569`
GeneID	`131024569`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024569`
原始查询	`LOC131024569`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
产物	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G46290` (KASI) 3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834671] identity=73.7; qcov=0.825; evalue=8.9e-50; confidence=medium
Rice	`Os06g0196600` (OsKASI) - identity=64.2; qcov=0.908; evalue=2.72e-46; confidence=medium
GO	GO:0004315 (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF00109 (ketoacyl-synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057810073.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810073.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810073.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057810073.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810073.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:46381573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr5:46381575`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B64
`Chr5:46381575`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B64
`Chr5:46381595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:46381601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:46381611`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr5:46381611`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr5:46381649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:46381678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B48,B98,C61,C80
`Chr5:46381682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B98,C13
`Chr5:46381751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C2,D11
`Chr5:46381772`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810073.1

120 aa

120

ketoacyl-synt

PF00109 ketoacyl-synt 13-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810073.1`	Pfam	`PF00109`	ketoacyl-synt	Domain	13	101	1.7e-11	45.0	Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954090.1
ATGCAGGCTTCTCCAAAGAGAGAAACGGATCCCAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATGGGCCTTGTTTCTGTTTTCGGAAGTGACATCGACACTTACTACAACAAACTCCTTGATGGAGTGAGCGGTATCACTCCCATTGACAGATTTGATACATCAGATTTCCCTGTTAAAATCGGGGGTCAGATTCGCGGCTTCTCTTCTGAGGGATACATCAACGCCAAGGATGATCGGCGTCTCGACGATTGCTGGAGATATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024569
ATGCAGGCTTCTCCAAAGAGAGAAACGGATCCCAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATGGGCCTTGTTTCTGTTTTCGGAAGTGACATCGACACTTACTACAACAAACTCCTTGATGGAGTGAGCGGTATCACTCCCATTGACAGATTTGATACATCAGATTTCCCTGTTAAAATCGGGGGTCAGATTCGCGGCTTCTCTTCTGAGGGATACATCAACGCCAAGGATGATCGGCGTCTCGACGATTGCTGGAGATATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810073.1
MQASPKRETDPKKRIVITGMGLVSVFGSDIDTYYNKLLDGVSGITPIDRFDTSDFPVKIGGQIRGFSSEGYINAKDDRRLDDCWRYCLVAGKKALDDATLGKKARFLELNKWERKGNEEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器