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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003532

染色体: Chr05 坐标: 47185872-47186684 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003532
名称SmilChr05G003532
描述uncharacterized SmilChr05G003532
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47185872 - 47186684 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024605
GeneID131024605
locus_tag-
NCBI NameLOC131024605
原始查询LOC131024605

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810098.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810098.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810098.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810098.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810098.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47185894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr5:47185919 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B131,B46,B53
Chr5:47185919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B46,B53
Chr5:47185922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B102,C82
Chr5:47185928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C28
Chr5:47185931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C28
Chr5:47185936 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 67 A1,A11,A14,A2,A21,A23,A24,A4,A5,B1,B100,B105,B108,B11,B113,B119,B122,B132,B133,B136,B139,B15,B21,B25,B27,B30,B31,B34,B4,B40,B45,B47,B51,B52,B55,B56,B58,B64,B68,B7,B73,B8,B80,B81,B82,B93,B94,B96,C12,C29,C31,C32,C33,C36,C41,C42,C47,C48,C5,C52,C58,C64,C65,C66,C68,C80,D1
Chr5:47185943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr5:47185952 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A25
Chr5:47185952 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A25
Chr5:47185953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B131,B46,B53
Chr5:47185975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954115.1
TTGCGGCGAAGGGAGTCCCAATGTCGAGTGTGATATATGACTCTTTTCGAGCTTTACACGTGAAGAAAGATGGGACTTACACCGATAAGAAGTCTGAAAGAATCGATGTGGAGGTACAAGAAATTGCTGCAGAGATGGGCCAATCTCATCCCGATACGCCCGTGGATATGAACAAGATTTATCTAGATGTCTTGGGAGGCGGTTTAGATAAAAAGCAAAGATTGTTGGGCACAGATAGCCTCGCATCGACCTTGAAGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024605
ATGTCGAGTGTGATATATGACTCTTTTCGAGCTTTACACGTGAAGAAAGATGGGACTTACACCGATAAGAAGTCTGAAAGAATCGATGTGGAGGTACAAGAAATTGCTGCAGAGATGGGCCAATCTCATCCCGATACGCCCGTGGATATGAACAAGATTTATCTAGATGTCTTGGGAGGCGGTTTAGATAAAAAGCAAAGATTGTTGGGCACAGATAGCCTCGCATCGACCTTGAAGACCGGTATATCGGGAGAGAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810098.1
MSSVIYDSFRALHVKKDGTYTDKKSERIDVEVQEIAAEMGQSHPDTPVDMNKIYLDVLGGGLDKKQRLLGTDSLASTLKTGISGESSTSAVSDIDKEQYATRLGDVASSGARKNISIRGTSQSCNGDYHVVARAIK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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