Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003540`

染色体: Chr05 坐标: 47270418-47271831 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003540`
名称	SmilChr05G003540
描述	uncharacterized SmilChr05G003540
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	47270418 - 47271831 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024611`
GeneID	`131024611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024611`
原始查询	`LOC131024611`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05938 (Self-incomp_S1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057810102.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057810102.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057810102.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810102.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810102.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:47271223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B68,C48
`Chr5:47271255`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B28,B33,B37,B93,C38
`Chr5:47271349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A23,A3,B54,D9
`Chr5:47271367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,B21,B68,C28,C48
`Chr5:47271379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr5:47271424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B37,B93,C38
`Chr5:47271445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:47271457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr5:47271469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr5:47271502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:47271538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,B21,B68,C28,C48
`Chr5:47271558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810102.1

150 aa

150

Self-incomp_S1

PF05938 Self-incomp_S1 33-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810102.1`	Pfam	`PF05938`	Self-incomp_S1	Family	33	122	2.9e-08	34.9	Plant self-incompatibility protein S1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954119.1
AGGAAACAATCTCCAAACAACAGATTATTAATAACCTTTGATTGCATCATAAAGCTAAAGCTAAGGGGAATAGCAACCCACACATCATTTCCTCATATTCTTTTTGTTCTTCAAAATCTCCATCTTCCCCTCTATTTTCGAAGCCCCATTGCACAGGAAAATTTCTTGTGCTTTCCGCTTCGAGAAAGAAAAGAGGGCGAGAAGAGAAGGAAGAGCATGAATCCCAGAAGCGCGACGGCCCTGGTGGTGGTGGTGGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024611
ATGAATCCCAGAAGCGCGACGGCCCTGGTGGTGGTGGTGGCGGCCGCATTCCTCCTCCTTCCGACGCACGCAGGCATAAAACCTAACGCGAAGTCGGTGGTGGTGACGAACAACCACACGAACTACCTGAGCGTGCGGTGCTTCTCGTTCAACGACGACTTCACGGTGAACCACCTGCCGTCGTGGGGGCAGTACGAGTTCAAGGTGACGAAGCGGGTGGTGTACCCTTCCTCCACCATGTTCAACTGCTCCACCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810102.1
MNPRSATALVVVVAAAFLLLPTHAGIKPNAKSVVVTNNHTNYLSVRCFSFNDDFTVNHLPSWGQYEFKVTKRVVYPSSTMFNCSTNMGTFVAYKYDYECTADDYDKCDWRFDEDSAYRWEPKLNVWVAVDYAPNYESLNRGGVIRGYFAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器