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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003251

染色体: Chr05 坐标: 41908089-41913254 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003251
名称SmilChr05G003251
描述uncharacterized SmilChr05G003251
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41908089 - 41913254 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024613
GeneID131024613
locus_tag-
NCBI NameLOC131024613
原始查询LOC131024613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述SLH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822156]; symbol=AT3G25680; hit=AT3G25680; species=arabidopsis; confidence=high
产物SLH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822156]; symbol=AT3G25680; hit=AT3G25680; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G25680 (AT3G25680)
SLH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822156]
identity=46.5; qcov=1; evalue=1.83e-160; confidence=high
RiceOs03g0862100
-
identity=34.5; qcov=0.814; evalue=4.37e-62; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810107.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057810107.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057810107.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810107.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810107.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41908284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr5:41908332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C15,C52,C84
Chr5:41908928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,D11
Chr5:41908982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:41911788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:41911943 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B65
Chr5:41911943 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B65
Chr5:41912557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B63
Chr5:41912585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D6
Chr5:41912591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C42
Chr5:41912626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C42
Chr5:41912817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B75,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954124.1
ATTGTACAAACGGAACAATGTCTAAACCCTCAACTCCATGATTTACATTTTCTTCTGCTGGCCCCCTCAGGCCTCAATTCCATCTAATTCTCCCCATTTCCCCTGCTCGCAATAATGAATTAACCATTGAAATAAGCAATTGGAGAGAGTAATAAAACCCTCAAACATGTGCTCCTCAATGCCATCAATTTCGCTCTGTTTGCCCTCACAAACCACCTTTTTATCACACAATCGCTTCAACTTCGTCTTTCATGGCAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024613
ATGTGCTCCTCAATGCCATCAATTTCGCTCTGTTTGCCCTCACAAACCACCTTTTTATCACACAATCGCTTCAACTTCGTCTTTCATGGCAGCCCACTGTTCATCACTCGCAGAAACCCTAGGCACATTTCGCTCACAGCTTCTGTTGCTGAAAAAAACTCGAGTCTTCAATTTTCGTGGATTTCTTGGGACAAAGTTAGTTCTGATGACTACAATGGTTGGGCCATTGCGGAACCTGCTCCGAAACTAGCTGAAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810107.1
MCSSMPSISLCLPSQTTFLSHNRFNFVFHGSPLFITRRNPRHISLTASVAEKNSSLQFSWISWDKVSSDDYNGWAIAEPAPKLAEKKGWRTFAVFGVGASVAAFLGLLACFWFSSKGFGVRLRSPFSALHGFSVPSLTIKDETGIEEVRNDDVPFVESQMPEETLADASDAFVVTEHKREHVIVPFSVDVAQQEAVSALKKLKIIEDDARADKLCTRREYARWLVRANSLLERSRKHRLNPFAAICGSRITAFDDVGVED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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