Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003271

染色体: Chr05 坐标: 42511926-42514773 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003271
名称SmilChr05G003271
描述transcription factor bHLH30
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向42511926 - 42514773 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024629
GeneID131024629
locus_tag-
NCBI NameLOC131024629
原始查询LOC131024629

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor bHLH30
产物transcription factor bHLH30
ArabidopsisAT1G68810 (AT1G68810)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843213]
identity=57.2; qcov=0.987; evalue=1.32e-92; confidence=high
RiceOs03g0260600 (OsbHLH040)
-
identity=57.2; qcov=0.829; evalue=1.21e-75; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH); PF23177 (bHLH_IRO3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810115.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810115.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810115.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810115.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:42512815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C33
Chr5:42512824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C35
Chr5:42513029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:42513088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B4,D4
Chr5:42513941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B115,B75,C58
Chr5:42513960 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B73,C31,C39,C82,C86
Chr5:42513960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B73,C31,C39,C82,C86
Chr5:42513980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr5:42513986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:42514013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:42514139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:42514175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810115.1
310 aa
N
1
155
310
bHLH_IRO3
HLH
C
PF23177 bHLH_IRO3 126-209 aa PF00010 HLH 127-174 aa
XP_057810116.1
310 aa
N
1
155
310
bHLH_IRO3
HLH
C
PF23177 bHLH_IRO3 126-209 aa PF00010 HLH 127-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810115.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 126 209 1.4e-07 32.5 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
XP_057810115.1 Pfam PF00010 HLH Domain 127 174 4.8e-13 49.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057810116.1 Pfam PF23177 bHLH_IRO3 Domain 126 209 1.4e-07 32.5 Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
XP_057810116.1 Pfam PF00010 HLH Domain 127 174 4.8e-13 49.4 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954133.1
ATTCTCACAAATAACCTTATATATTTCTCCCCTTTTATTTTTTATCATCACACACTAACTACGCTTTTCTTTATTTCTCTATCGACAATCTCTGCGTCACTTTTCTCTTGTGCCTCTCAAACCTCTTTCTCTCTAAAATTGCAGCGACTGTAGTCTATAATCATGCACGTTTGTAGTTTTTTATCCTATCATTAAACACTATGTATTATACATATAGTTGTATGTATGAAAGTAAATTAATATTAATGTAGCTAGGTAGG...
XM_057954132.1
ATTCTCACAAATAACCTTATATATTTCTCCCCTTTTATTTTTTATCATCACACACTAACTACGCTTTTCTTTATTTCTCTATCGACAATCTCTGCGTCACTTTTCTCTTGTGCCTCTCAAACCTCTTTCTCTCTAAAATTGCAGCGACTGTAGTCTATAATCATGCACGTTTGTAGTTTTTTATCCTATCATTAAACACTATGTATTATACATATAGTTGTATGTATGAAAGTAAATTAATATTAATGTAGCTAGGTAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024629
ATGCAGCAAGAAAACAGTGGCGATGTATACATGGGCATGGGCGGCGGCGACGGCGGATCAGCTCTAACTTTCCCCGACGTTTCACAAATCCTGCCGTGGGCGCTCCCGCCGGTCCACGCCTTCAACCCGGTCCATTTCTCGACCCGCGACCACGACCCGTTTCTCCTCTCCGCCGCTGCGGCGCAGCCGCCCTACGGCGGCATGTTCAACAGGAGGCCGTCGGCGGGCTACGAGTCGGAACAGCAGCTACGGCTGCTCTC...
LOC131024629
ATGCAGCAAGAAAACAGTGGCGATGTATACATGGGCATGGGCGGCGGCGACGGCGGATCAGCTCTAACTTTCCCCGACGTTTCACAAATCCTGCCGTGGGCGCTCCCGCCGGTCCACGCCTTCAACCCGGTCCATTTCTCGACCCGCGACCACGACCCGTTTCTCCTCTCCGCCGCTGCGGCGCAGCCGCCCTACGGCGGCATGTTCAACAGGAGGCCGTCGGCGGGCTACGAGTCGGAACAGCAGCTACGGCTGCTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810115.1
MQQENSGDVYMGMGGGDGGSALTFPDVSQILPWALPPVHAFNPVHFSTRDHDPFLLSAAAAQPPYGGMFNRRPSAGYESEQQLRLLSQSLGQVVHHHGSGAPFGLHAELQKLSAQEIMDAKALAASKSHSEAERRRRERINNHLAKLRSLLPNTTKTDKASLLAEVIQHVKELKRQTCVIAETNPVPTEMDELTVDNANDEEGKWVIKASICCEDRPDLLPELIKTLKALKLRTLRAEITTLGGRVRNVLFITGDDEEEE...
XP_057810116.1
MQQENSGDVYMGMGGGDGGSALTFPDVSQILPWALPPVHAFNPVHFSTRDHDPFLLSAAAAQPPYGGMFNRRPSAGYESEQQLRLLSQSLGQVVHHHGSGAPFGLHAELQKLSAQEIMDAKALAASKSHSEAERRRRERINNHLAKLRSLLPNTTKTDKASLLAEVIQHVKELKRQTCVIAETNPVPTEMDELTVDNANDEEGKWVIKASICCEDRPDLLPELIKTLKALKLRTLRAEITTLGGRVRNVLFITGDDEEEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器