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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002349

染色体: Chr01 坐标: 40637857-40641499 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002349
名称SmilChr01G002349
描述uncharacterized SmilChr01G002349
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40637857 - 40641499 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024632
GeneID131024632
locus_tag-
NCBI NameLOC131024632
原始查询LOC131024632

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=low
产物ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]; symbol=TPR10; hit=AT3G04710; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G04710 (TPR10)
ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819629]
identity=31.5; qcov=0.973; evalue=5.7e-58; confidence=low
RiceOs05g0103600
-
identity=31; qcov=0.961; evalue=2.96e-50; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810125.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810125.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810125.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810125.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810125.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40637948 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637948 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637951 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637951 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637952 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637952 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 4 A14,A25,B129,C33
Chr1:40637978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B129,C33
Chr1:40638747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C38,D6
Chr1:40638758 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B92,C32
Chr1:40638758 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 B92,C32
Chr1:40638785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B95,C21,C73,C81
Chr1:40638809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810125.1
440 aa
N
1
220
440
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_3
Ank
Ank_2
Ank_4
Ank
Ank_3
Ank_2
Ank
Ank
C
PF12796 Ank_2 42-107 aa PF13606 Ank_3 49-77 aa PF00023 Ank 49-78 aa PF13637 Ank_4 53-103 aa PF12796 Ank_2 82-143 aa PF00023 Ank 84-107 aa PF13637 Ank_4 87-134 aa PF13606 Ank_3 114-142 aa PF00023 Ank 114-146 aa PF12796 Ank_2 114-173 aa PF13637 Ank_4 119-167 aa PF00023 Ank 149-174 aa PF13606 Ank_3 149-174 aa PF12796 Ank_2 181-240 aa PF00023 Ank 182-207 aa PF00023 Ank 212-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810125.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 42 107 1.5e-39 135.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057810125.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 49 77 4.3e-30 100.8 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 49 78 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 53 103 9.7e-28 96.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057810125.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 82 143 1.5e-39 135.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 84 107 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 87 134 9.7e-28 96.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057810125.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 114 142 4.3e-30 100.8 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 114 146 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 114 173 1.5e-39 135.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057810125.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 119 167 9.7e-28 96.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 149 174 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 149 174 4.3e-30 100.8 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 181 240 1.5e-39 135.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 182 207 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat
XP_057810125.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 212 239 2.5e-35 119.2 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101965.1
GGTGCGGGGACCGGGGACGTATATAATAGTTTTGAATTCAAAAACCAACTCCCAACCAAACAGATCGCGCACACTGTCGATCTTCGCCACGCGCCACCCGTGGGGCGAGCTACTGGATTACGGCTCCGCCGATTTCTCCGGCCGCCTCAAACGCAATCTCAGCTAATCAATCTTCTACTGCGGATCGTGCTGGCGGCTTCTCTTCTATCGTCGGAGCTAGAAGACACGTGGCTCAATCCTATAGTCTTGATAGAAACCGA...
XM_057954142.1
GCGGGGACCGGGGACGTATATAATAGTTTTGAATTCAAAAACCAACTCCCAACCAAACAGATCGCGCACACTGTCGATCTTCGCCACGCGCCACCCGTGGGGCGAGCTACTGGATTACGGCTCCGCCGATTTCTCCGGCCGCCTCAAACGCAATCTCAGCTAATCAATCTTCTACTGCGGATCGTGCTGGCGGCTTCTCTTCTATCGTCGGAGCTAGAAGACACGTGGCTCAATCCTATAGTCTTGATAGAAACCGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024632
ATGGCTTCTACTTCTCAACTTGGTGAAAGGATTATCGAGGCTGGTGCTAGTGGAAACCTGTCAAAACTTAGGGAGATCAGAAGGAAGATTGATGATGCCAAAGAGTTCAATAGAATATGCGATGAATACTGTGACTACTCCACTGGCCGGAGTGTATTGCATCACGCTGCTGCAATGGGACATCTTGAGATTTGCAAATTCTTGATTGAGAAAGCCAAAGTTTATGTTAATGCTACGGCTTACAAGAGGGAAACTGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810125.1
MASTSQLGERIIEAGASGNLSKLREIRRKIDDAKEFNRICDEYCDYSTGRSVLHHAAAMGHLEICKFLIEKAKVYVNATAYKRETALTEAAKGGHFEIVKYLISQGAISIASLHGYTVLHYAVLNDNWELTLFLVKGGIRLDVNSSDGTPLQIAVSHGNVDIVKLLLVYGVKPDFCYFILESPLICAIKSHSLECLVWLLKAGADPNRFYLGYSPLSYAAKEHDTLYLEYLLCAGANPNKYLLGHMYPIEDAALANNRNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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