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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003308

染色体: Chr05 坐标: 43339660-43342354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003308
名称SmilChr05G003308
描述uncharacterized SmilChr05G003308
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向43339660 - 43342354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024659
GeneID131024659
locus_tag-
NCBI NameLOC131024659
原始查询LOC131024659

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810149.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810149.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057810149.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810149.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810149.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:43340138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr5:43340149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B111,B57
Chr5:43340160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr5:43340162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B75
Chr5:43340179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:43340352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B47,B63,C1,C40
Chr5:43340525 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 76 A22,A4,A5,B103,B106,B111,B115,B120,B124,B128,B129,B136,B140,B15,B16,B18,B20,B22,B24,B25,B3,B34,B36,B49,B50,B51,B55,B56,B58,B61,B62,B69,B85,B86,B88,B91,B94,B95,B96,B97,B99,C10,C16,C17,C2,C23,C25,C28,C35,C36,C38,C40,C41,C43,C46,C49,C5,C53,C58,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C7,C71,C74,C79,C81,C83,D1,D10,D11,D3,D5
Chr5:43340538 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B17
Chr5:43340538 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B17
Chr5:43340640 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 72 A11,A13,A16,A18,A2,A20,A24,A25,A5,B100,B104,B106,B111,B113,B118,B121,B126,B129,B139,B18,B24,B27,B33,B35,B36,B41,B48,B49,B56,B65,B68,B70,B71,B72,B74,B78,B79,B82,B85,B9,B90,B92,B95,C11,C17,C19,C22,C26,C27,C3,C33,C35,C36,C37,C38,C44,C47,C5,C52,C54,C60,C62,C64,C65,C69,C75,C78,C8,C80,C83,D10,D11
Chr5:43340643 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B103,B137,B139,B34,C24,C70,C86
Chr5:43340647 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 78 A11,A13,A16,A18,A2,A20,A24,A25,A5,B100,B104,B106,B111,B113,B118,B121,B126,B129,B130,B139,B18,B24,B27,B32,B33,B35,B36,B41,B48,B49,B56,B65,B68,B70,B71,B72,B74,B78,B79,B82,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B95,C10,C11,C17,C19,C22,C26,C27,C3,C33,C35,C36,C37,C38,C44,C47,C5,C52,C54,C59,C60,C62,C64,C65,C66,C69,C75,C78,C8,C80,C83,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810149.1
130 aa
N
1
65
130
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 2-124 aa
XP_057810150.1
130 aa
N
1
65
130
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 2-124 aa
XP_057810151.1
130 aa
N
1
65
130
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 2-124 aa
XP_057810152.1
130 aa
N
1
65
130
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 2-124 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810149.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 2 124 1.6e-09 38.7 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057810150.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 2 124 1.6e-09 38.7 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057810151.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 2 124 1.6e-09 38.7 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057810152.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 2 124 1.6e-09 38.7 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954169.1
GCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTAATTCGCCTGCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTGCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTGCTCCGCCCCCTACCTGCCTGCTCCGATATGCTCAGCCCCTAATTCGAAACCCTAGCCTAAAATCAGATTTGATCGTGACTGGAAGAAAATTGAGGCTTTTGTTGGCTCATTTTACTCTAATCGAGGACTTGAGAAAGAGCCTCAAGTTTAGATTTGTTGATCCATCAATTGTATGTCA...
XM_057954168.1
GCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTAATTCGCCTGCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTGCTTCACCTGCTCCGCCGCCGCCTGCTCCGCCCCCTACCTGCCTGCTCCGATATGCTCAGCCCCTAATTCGAAACCCTAGCCTAAAATCAGATTTGATCGTGACTGGAAGAAAATTGAGGCTTTTGTTGGCTCATTTTACTCTAATCGAGCTACAGGACTTGAGAAAGAGCCTCAAGTTTAGATTTGTTGATCCATCAATTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131024659
ATGGTTCCATGTAATGTGTGTGACCATTGGATTCTTACGATCATCGATCCTTATAAGGAGGAAGCTGCTATGTTGGATCCCTTTTATGATGGTATTCATGATGGTGTTTGGAAACAAGTTGTTCAATTGGCATTAAAGCTTTTCAATGCCCAAAAGCAGAGGAAAGGAAGAAAGATGTCTTCGTGGTCAGTAATTAAGGTTCCTAAACAACCAGACAACTTTCAATGTGGTTTCTATGTAATGAAATACATGAAGGAAAT...
LOC131024659
ATGGTTCCATGTAATGTGTGTGACCATTGGATTCTTACGATCATCGATCCTTATAAGGAGGAAGCTGCTATGTTGGATCCCTTTTATGATGGTATTCATGATGGTGTTTGGAAACAAGTTGTTCAATTGGCATTAAAGCTTTTCAATGCCCAAAAGCAGAGGAAAGGAAGAAAGATGTCTTCGTGGTCAGTAATTAAGGTTCCTAAACAACCAGACAACTTTCAATGTGGTTTCTATGTAATGAAATACATGAAGGAAAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057810149.1
MVPCNVCDHWILTIIDPYKEEAAMLDPFYDGIHDGVWKQVVQLALKLFNAQKQRKGRKMSSWSVIKVPKQPDNFQCGFYVMKYMKEIVECDGSQTIGSLHSLLDKPSYSKEDIDDVRKEWADCVQDHILE
XP_057810150.1
MVPCNVCDHWILTIIDPYKEEAAMLDPFYDGIHDGVWKQVVQLALKLFNAQKQRKGRKMSSWSVIKVPKQPDNFQCGFYVMKYMKEIVECDGSQTIGSLHSLLDKPSYSKEDIDDVRKEWADCVQDHILE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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