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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003316

染色体: Chr05 坐标: 43431633-43434853 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003316
名称SmilChr05G003316
描述reticulon-like protein B2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向43431633 - 43434853 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024667
GeneID131024667
locus_tag-
NCBI NameLOC131024667
原始查询LOC131024667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述reticulon-like protein B2
产物reticulon-like protein B2
ArabidopsisAT4G11220 (BTI2)
VIRB2-interacting protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826724]
identity=57.9; qcov=0.857; evalue=1.11e-86; confidence=high
RiceOs01g0736900
-
identity=61.4; qcov=0.857; evalue=3.58e-90; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02453 (Reticulon)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057810159.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057810159.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810159.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810159.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:43431845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:43431851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:43431961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,D11,D2
Chr5:43433761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:43433960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,D2
Chr5:43433974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:43434308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:43434494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810159.1
230 aa
N
1
115
230
Reticulon
C
PF02453 Reticulon 48-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810159.1 Pfam PF02453 Reticulon Family 48 202 3.9e-55 186.8 Reticulon

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954176.1
ACGAATTTCACTTCCACAATCAAGATTGATCTGAGTTGTTACACTTGCACGTAACCCCCAAACTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTTCTCTCTCGTTCGTCTATACAATCAAGTTGGTGTATGTATATCCGTGTCTAAATTTGTGATCTGGGGTGGCGGATCGTCACAACAACAAACAGGAGAGAAAAACAAAGAGATTTTCATGGAAGAAATTGATTCCCGCGACTTATCGTCGTCGTCGGATTCCGAGGAGGAAAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024667
ATGGAAGAAATTGATTCCCGCGACTTATCGTCGTCGTCGGATTCCGAGGAGGAAAAACCATCGTCGATCAAGGGCAAGAAGGTCTACCGCCTCTTCGGAAGGGAGCGGCCCCTTCACATGGTCCTCGGCGGTGGCAAACATGCCGATGTAATTCTATGGAGGGATAAAAAAGTTTCAGCAGGAATCCTAGGTGGCGCTACAGCTATTTGGTTTTTGTTTGAAGTGCTTGAATACCATTTTGTGTCCTTGATCTGCCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810159.1
MEEIDSRDLSSSSDSEEEKPSSIKGKKVYRLFGRERPLHMVLGGGKHADVILWRDKKVSAGILGGATAIWFLFEVLEYHFVSLICHGLILGSALLFLWSNAASFLSRSLPEIPELRIPEAPVVKITAALRIWINKSLALLRDVASGRDMKKFLAVIVGLWIMSVVGRYCEFLTVLYTFMVVAFSAPRFYEKYEDQVDAFGEKAEAEFWKQYAVFDAKVLSKIPKYNKKMA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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