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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003318

染色体: Chr05 坐标: 43464104-43468372 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003318
名称SmilChr05G003318
描述calcium-dependent protein kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向43464104 - 43468372 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024668
GeneID131024668
locus_tag-
NCBI NameLOC131024668
原始查询LOC131024668

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 1-like
产物calcium-dependent protein kinase 1-like
ArabidopsisAT4G23650 (CDPK6)
calcium-dependent protein kinase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828465]
identity=78.7; qcov=0.906; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0622600 (OsCDPK1)
-
identity=80.7; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057810161.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057810161.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057810161.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810161.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810161.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:43465102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:43467094 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A21,A6,B101,B105,B12,B126,B131,B140,B2,B28,B40,B68,B82,C40,C48,C87,D4,D5
Chr5:43467112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:43467649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,D6
Chr5:43467954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B69,B80,B9
Chr5:43468023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,D6
Chr5:43468145 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C48
Chr5:43468145 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C48
Chr5:43468193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:43468194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:43468252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810161.1
513 aa
N
1
256
513
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_7
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
C
PF00069 Pkinase 63-320 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 64-313 aa PF13202 EF-hand_5 368-390 aa PF00036 EF-hand_1 368-394 aa PF13405 EF-hand_6 368-396 aa PF13499 EF-hand_7 368-428 aa PF13833 EF-hand_8 380-426 aa PF13202 EF-hand_5 406-425 aa PF13499 EF-hand_7 439-500 aa PF00036 EF-hand_1 440-466 aa PF13405 EF-hand_6 440-466 aa PF13202 EF-hand_5 442-462 aa PF13833 EF-hand_8 452-501 aa PF13202 EF-hand_5 475-499 aa PF00036 EF-hand_1 475-501 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810161.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 63 320 5.3e-75 252.9 Protein kinase domain
XP_057810161.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 64 313 1.4e-23 84.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057810161.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 368 390 5.9e-25 86.3 EF hand
XP_057810161.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 368 394 8.1e-35 116.5 EF hand domain
XP_057810161.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 368 396 1.2e-28 96.8 EF-hand domain
XP_057810161.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 368 428 9.6e-32 109.9 EF-hand domain pair
XP_057810161.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 380 426 1.2e-16 60.9 EF-hand domain pair
XP_057810161.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 406 425 5.9e-25 86.3 EF hand
XP_057810161.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 439 500 9.6e-32 109.9 EF-hand domain pair
XP_057810161.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 440 466 8.1e-35 116.5 EF hand domain
XP_057810161.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 440 466 1.2e-28 96.8 EF-hand domain
XP_057810161.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 442 462 5.9e-25 86.3 EF hand
XP_057810161.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 452 501 1.2e-16 60.9 EF-hand domain pair
XP_057810161.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 475 499 5.9e-25 86.3 EF hand
XP_057810161.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 475 501 8.1e-35 116.5 EF hand domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954178.1
TATCTACACACGAAAGGTTGAAGAAAATTGAGACACATATATAAGTATAAATTCCCTTCTTCTGTCTCTAAACACTTTGACTTCACACAGTCGTAACATAAAAATCCCAAATTCAAAAATGGGTAACTGCAACACCACCACCACCACCACCACCGGCGCCAATCCCCCACCCAACGGCGGCGGAGGGCAGCAACCCAGCATCAACGTCGTCCCCGCCGATACGCCGCCCCCGCCCCGCCGGCCTCTCCCGACAGGCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024668
ATGGGTAACTGCAACACCACCACCACCACCACCACCGGCGCCAATCCCCCACCCAACGGCGGCGGAGGGCAGCAACCCAGCATCAACGTCGTCCCCGCCGATACGCCGCCCCCGCCCCGCCGGCCTCTCCCGACAGGCATCGGCCGCGTCCTGGGCCGGCCGATGTCCGATGTCCACTCCGTGTACATTTTCGGGCGGGAGCTGGGGCGGGGCCAGTTCGGCGTGACCCATCTGGTGACCCACCGCGCCACGCGCCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810161.1
MGNCNTTTTTTTGANPPPNGGGGQQPSINVVPADTPPPPRRPLPTGIGRVLGRPMSDVHSVYIFGRELGRGQFGVTHLVTHRATRQNFACKSIATRKLISPDDVADVRREVQIMHHLTGHRNIVELKESFEDRHSVHLVMELCAGGELFDRIIAKGHYSERAAAGLCRQIVTVVHACHSMGVMHRDLKPENFLFLSKDEDSPLKATDFGLSAFFKPGESFRDLVGSAYYVAPEVLRRNYGAEADIWSAGVILYILLSGVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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