Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000078`

染色体: Chr05 坐标: 397211-397942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000078`
名称	SmilChr05G000078
描述	concanavalin-A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	397211 - 397942 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024724`
GeneID	`131024724`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024724`
原始查询	`LOC131024724`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	concanavalin-A-like
产物	concanavalin-A-like
Arabidopsis	`AT5G10530` (AT5G10530) Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830918] identity=30.8; qcov=0.934; evalue=4.32e-16; confidence=low
Rice	`Os08g0124500` - identity=30.2; qcov=1.01; evalue=3.93e-23; confidence=low
GO	GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	-
Pfam	PF00139 (Lectin_legB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024724

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057810245.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810245.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810245.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810245.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810245.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:397524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29
`Chr5:397613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr5:397652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:397750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr5:397889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810245.1

243 aa

122

243

Lectin_legB

PF00139 Lectin_legB 27-237 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810245.1`	Pfam	`PF00139`	Lectin_legB	Domain	27	237	1.2e-36	127.3	Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954262.1
ATGGCCAACCTATACCAAACCCTAATCTTCATTGCCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCAACACGGCGCGGTCCCAATCGACGGCCTTCACCTACGACTTCTGGGGCGACCAGCCGACCGAGCTCCTCTACCAAGGCGACGCACATTTCCCGTCGGACTCCACGTTCCTCCGCATGACCAACACCACCGCCTCCGGCACCGCCGCCCAGCACAGAGCCGGCCGGGTGGTGTACCCGACCCCGATCACGTTCTGGGAGGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024724
ATGGCCAACCTATACCAAACCCTAATCTTCATTGCCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCAACACGGCGCGGTCCCAATCGACGGCCTTCACCTACGACTTCTGGGGCGACCAGCCGACCGAGCTCCTCTACCAAGGCGACGCACATTTCCCGTCGGACTCCACGTTCCTCCGCATGACCAACACCACCGCCTCCGGCACCGCCGCCCAGCACAGAGCCGGCCGGGTGGTGTACCCGACCCCGATCACGTTCTGGGAGGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810245.1
MANLYQTLIFIALLLAAAANTARSQSTAFTYDFWGDQPTELLYQGDAHFPSDSTFLRMTNTTASGTAAQHRAGRVVYPTPITFWEAGAQVDFETTVKFIVTPTAGDMTPADGFTFFVGPVGLPLGFTGGAYGVFNTSGLAASVLAVEFDIYPNAEVDPTYPHIGIDIESNVSKNLTNVGTALLRQEVTAIIGYKKATNLISVRVAAGSQIYEVSYVFDLSTILPQQVQVGISGATGVLGIRRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器