当前解析结果
SmilChr05G000123| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000123 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000123 |
| 描述 | lectin-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 987587 - 988033 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024734 |
|---|---|
| GeneID | 131024734 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024734 |
| 原始查询 | LOC131024734 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lectin-like |
| 产物 | lectin-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os09g0334800- identity=31.8; qcov=0.892; evalue=4.85e-10; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024734 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057810256.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810256.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810256.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810256.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810256.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:987708 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B36,B50 |
Chr5:987708 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B36,B50 |
Chr5:987716 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,B76 |
Chr5:987731 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,C34,C8 |
Chr5:987734 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C7 |
Chr5:987742 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 69 | A1,A13,A15,A16,A19,A6,A7,B10,B108,B109,B114,B117,B120,B13,B134,B135,B14,B16,B18,B2,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B31,B32,B36,B4,B49,B56,B58,B59,B60,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B72,B78,B79,B80,B88,B9,B93,B96,B98,C12,C14,C23,C27,C3,C32,C33,C36,C4,C41,C47,C53,C61,C64,C68,C75,C81,C84,D3 |
Chr5:987757 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B52,C45,C79 |
Chr5:987757 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B52,C45,C79 |
Chr5:987758 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:987759 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:987763 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A11,A24,A6,B110,B112,B53,B66,B89,C54,C56,C68,C83 |
Chr5:987778 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A23,B103,B107,B124,B6,C25,C35,C5,C57,C67,C87,D2,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810256.1PF00139
Lectin_legB 9-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810256.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 9 | 143 | 5.2e-15 | 56.4 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。