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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000182

染色体: Chr05 坐标: 1449905-1453013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000182
名称SmilChr05G000182
描述probable complex I intermediate-associated protein 30
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1449905 - 1453013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024744
GeneID131024744
locus_tag-
NCBI NameLOC131024744
原始查询LOC131024744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable complex I intermediate-associated protein 30
产物probable complex I intermediate-associated protein 30
ArabidopsisAT1G72420 (AT1G72420)
NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843574]
identity=58.5; qcov=0.981; evalue=1.33e-55; confidence=high
RiceOs01g0727400
-
identity=61.1; qcov=0.961; evalue=8.4e-57; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006120 (mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone); GO:0032981 (mitochondrial respiratory chain complex I assembly); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF08547 (CIA30)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024744

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057810267.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057810267.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057810267.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810267.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1451634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,B69
Chr5:1451646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B103,B22,B47,C39
Chr5:1451650 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 12 B110,B120,B21,B3,B44,B59,B88,C11,C58,C69,C72,D6
Chr5:1451661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B77
Chr5:1451669 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B66
Chr5:1451669 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B66
Chr5:1451675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr5:1451690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,B8
Chr5:1451718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810267.1
155 aa
N
1
78
155
CIA30
C
PF08547 CIA30 35-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810267.1 Pfam PF08547 CIA30 Family 35 151 1.8e-15 58.0 Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954284.1
CGTGTTCGGTTATCATCAGAAGCGGTACGCTTCTCTCATCTGCGCACGGCGTCGTTTCATCGAATCCCTCCCACCTCTTCAATTCCTCAATTCAGCTAGTACTGCACTTGAAATTCGTGAAGAAATCATCAAAATTTCTTGTTGGCTTCGAATTCGATTACAGCGATTCGCGTAAAACAATTGAGTAGATGTCGAGGTTTCGTGGATTATGGCAAGCTTCGGTTAATGCAACTAAAAGAGCTCTTTTGTGGAAGCCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024744
ATGTCGAGGTTTCGTGGATTATGGCAAGCTTCGGTTAATGCAACTAAAAGAGCTCTTTTGTGGAAGCCTGAAGACTTGCTTCCTCCAAGCGAACGGTATATTTTTAAGTTTGACACGAAAGAGGAGCTGAAGCGATGGCATTTGTATACAGATTCTATGGCGAGTGGCGCCGGCCTCGGACAAGAATCTGATGAATCTTCTGGGAGAGAGCAGATTGGGGTCGTGGTTTCTCCTTTAAAGTGGCGCAATTTCGAAACATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810267.1
MSRFRGLWQASVNATKRALLWKPEDLLPPSERYIFKFDTKEELKRWHLYTDSMASGAGLGQESDESSGREQIGVVVSPLKWRNFETWKTGCVFSGNLSLDVVEGTKWNITRSGFCGMRSKKFDGFIDLDGYDTFALKLKGDGRCYISTVSNVTLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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