Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000194`

染色体: Chr05 坐标: 1548017-1550620 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000194`
名称	SmilChr05G000194
描述	late blight resistance protein R1-A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	1548017 - 1550620 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024750`
GeneID	`131024750`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024750`
原始查询	`LOC131024750`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	late blight resistance protein R1-A-like
产物	late blight resistance protein R1-A-like
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=30.9; qcov=0.454; evalue=5.69e-29; confidence=low
Rice	`Os11g0229400` - identity=31.6; qcov=0.389; evalue=2.4e-28; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057810270.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057810270.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810270.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810270.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810270.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:1548035`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A20,B125,B90,B92,C26,D2
`Chr5:1548036`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	B119,B120,B139,B42,B43,B48,B5,B73,B74,B75,C32,C59,C68,C72
`Chr5:1548043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr5:1548107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr5:1548143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B17,C45
`Chr5:1548165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr5:1548172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr5:1548190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B13,C15
`Chr5:1548199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:1548228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,B90,B92
`Chr5:1548234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C38
`Chr5:1548250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B93,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810270.1

749 aa

374

749

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 179-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810270.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	179	343	3.8e-29	102.2	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954287.1
ATGCACCGTTTTCGATCTTTTCGTCTTCGACCTTTACGTCTTGGATCTTTTCGTCATCGATATATCTCTGTACTTGATGATTTCGCTGTGCGGACAGAAACTTTTCTGGAGAATACGTTTCTGCGTATTGTACAATTATCTCCACATCAAATCTTACAGCCAGTCCTCGACGAGATGGATCGCTTGCAGGAAGTTCTGCTACGATTGGACGAGACCAGCTGCAGCAAGATCAGGGCGAACGTGAATGCTGCGGATGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024750
ATGCACCGTTTTCGATCTTTTCGTCTTCGACCTTTACGTCTTGGATCTTTTCGTCATCGATATATCTCTGTACTTGATGATTTCGCTGTGCGGACAGAAACTTTTCTGGAGAATACGTTTCTGCGTATTGTACAATTATCTCCACATCAAATCTTACAGCCAGTCCTCGACGAGATGGATCGCTTGCAGGAAGTTCTGCTACGATTGGACGAGACCAGCTGCAGCAAGATCAGGGCGAACGTGAATGCTGCGGATGAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810270.1
MHRFRSFRLRPLRLGSFRHRYISVLDDFAVRTETFLENTFLRIVQLSPHQILQPVLDEMDRLQEVLLRLDETSCSKIRANVNAADELIKEAVWEFEDLLESHVFPQILPQLESERDNLSFSVVMLGLKHHVDCFVKMVKMMEEEYIIEVKNMAEEEGEPISSRIYFGGIQLKMVGLSDYIENARDYLLQENNKNPYWISGMAGIGKTTIAKHIFEDPSIRCHFEFRAWVAVGRKCESNELLRCVLAQVDPNAYQMLTQGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器