Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000255`

染色体: Chr05 坐标: 1947816-1949720 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000255`
名称	SmilChr05G000255
描述	hyoscyamine 6-dioxygenase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	1947816 - 1949720 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024761`
GeneID	`131024761`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024761`
原始查询	`LOC131024761`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hyoscyamine 6-dioxygenase-like
产物	hyoscyamine 6-dioxygenase-like
Arabidopsis	`AT5G24530` (DMR6) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832524] identity=41.9; qcov=0.989; evalue=2.11e-38; confidence=medium
Rice	`Os07g0169600` - identity=40.1; qcov=0.95; evalue=3.48e-38; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810283.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057810283.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810283.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810283.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810283.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:1947862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B124
`Chr5:1947948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B103,B66,C33
`Chr5:1947963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C70,C82
`Chr5:1947978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B105,C30,D10
`Chr5:1947990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr5:1948002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B139,C20,C43,D4
`Chr5:1948008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr5:1948015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:1948052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C57
`Chr5:1948057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,C13,D10
`Chr5:1948059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B37,B72,C28,C38
`Chr5:1949473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B127,B6,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810283.1

181 aa

181

2OG-FeII_Oxy

PF03171 2OG-FeII_Oxy 28-123 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810283.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	28	123	1.2e-24	87.3	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954300.1
ATGCTGAGGATTCTAGAAGCGATATCGGAAGGGCTAGGGCTGAAACCTAAATATTTAGACGGCGAGATTATCAAGAGTCAAGTGCTATCAGTGAATCATCACATTCCATGCCCTGATCCGAGCCTCACGCTTGGAATGCCACTACATACTGATCCAAACCTTATCACCACATTGCAGCAGTGCTCCGTCCCGGGCCTCCAAGTCCTCCGCCACCACCAATGGATGGATGTTGAGCCCAACCCCGCCGCGTTCCTCGTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024761
ATGCTGAGGATTCTAGAAGCGATATCGGAAGGGCTAGGGCTGAAACCTAAATATTTAGACGGCGAGATTATCAAGAGTCAAGTGCTATCAGTGAATCATCACATTCCATGCCCTGATCCGAGCCTCACGCTTGGAATGCCACTACATACTGATCCAAACCTTATCACCACATTGCAGCAGTGCTCCGTCCCGGGCCTCCAAGTCCTCCGCCACCACCAATGGATGGATGTTGAGCCCAACCCCGCCGCGTTCCTCGTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810283.1
MLRILEAISEGLGLKPKYLDGEIIKSQVLSVNHHIPCPDPSLTLGMPLHTDPNLITTLQQCSVPGLQVLRHHQWMDVEPNPAAFLVIPGLQLKVISNGRFSSPVHRVVTHSREARTTIGSFLIPSPEIVIEPAEEYAGDRPVYKGFTYEEFFSCFIRSNCEADAALAFFKNETNSKSTTLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器