Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000379`

染色体: Chr05 坐标: 2849224-2851740 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000379`
名称	SmilChr05G000379
描述	late blight resistance protein R1-A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2849224 - 2851740 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024784`
GeneID	`131024784`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024784`
原始查询	`LOC131024784`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	late blight resistance protein R1-A-like
产物	late blight resistance protein R1-A-like
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=26.4; qcov=1.02; evalue=1.34e-70; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=29; qcov=0.852; evalue=8.55e-65; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057810303.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810303.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810303.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810303.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810303.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2849252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,A24,B124,B82
`Chr5:2849259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2849278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2849326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2849337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr5:2849338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,C17,C84
`Chr5:2849373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C38
`Chr5:2849450`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C7
`Chr5:2849450`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C7
`Chr5:2849673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,C24,C72,C82
`Chr5:2849718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B31,B61,C55
`Chr5:2849742`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A14,A18,A24,A5,B1,B10,B105,B122,B52,B67,B79,C18,C24,C25,C35,C4,C49,C59,C61,C72,C82,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810303.1

838 aa

419

838

NB-ARC

AAA_22

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 155-316 aa PF13401 AAA_22 167-254 aa PF23559 WHD_DRP 402-471 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810303.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	155	316	2.6e-39	135.3	NB-ARC domain
`XP_057810303.1`	Pfam	`PF13401`	AAA_22	Domain	167	254	3.5e-08	34.5	AAA domain
`XP_057810303.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	402	471	4.2e-18	65.9	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954320.1
ATGGCAGCTGCTTATGCAACTCTACTTTCTGCTATGAATATCATAAACAACCTTCGCCATCATCCCTGCCCTCCTATTTCTCTCCCCATTCAACAAGTTGAGTCTCTCACTCAAAAGATTAATTTCCTGCTCCAATTTCTCGAGGGCTATAACCCACATCGTGGCTACTCGCAAGAAGCGGATCCGTTGGAGTCTCGCATTGCAGATGCAGCTTATGCGGCTGAACACGCCATTGAATCTCATATTTTCGATCAGCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024784
ATGGCAGCTGCTTATGCAACTCTACTTTCTGCTATGAATATCATAAACAACCTTCGCCATCATCCCTGCCCTCCTATTTCTCTCCCCATTCAACAAGTTGAGTCTCTCACTCAAAAGATTAATTTCCTGCTCCAATTTCTCGAGGGCTATAACCCACATCGTGGCTACTCGCAAGAAGCGGATCCGTTGGAGTCTCGCATTGCAGATGCAGCTTATGCGGCTGAACACGCCATTGAATCTCATATTTTCGATCAGCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810303.1
MAAAYATLLSAMNIINNLRHHPCPPISLPIQQVESLTQKINFLLQFLEGYNPHRGYSQEADPLESRIADAAYAAEHAIESHIFDQLTNNGENMRSDGLYEALEKVIQDMASIEEEAKQIQGRVGVQHQLPPDSSRSSSIPQQSSMVGADNAKFQMMDKLTSHCRDLQITSIVGMGGSGKTTLARNIYEERLIKKHFYICAWATISQEYTIREILAVVLRQLNIRVDDNLSEHELGRKLYQHLYHRRYLIIMDDMWSIDAW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器