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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000507

染色体: Chr05 坐标: 3930539-3931111 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000507
名称SmilChr05G000507
描述BON1-associated protein 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3930539 - 3931111 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024797
GeneID131024797
locus_tag-
NCBI NameLOC131024797
原始查询LOC131024797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BON1-associated protein 2-like
产物BON1-associated protein 2-like
ArabidopsisAT2G13350 (AT2G13350)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815821]
identity=34.1; qcov=0.711; evalue=3.03e-09; confidence=low
RiceOs01g0853800
-
identity=36.3; qcov=0.711; evalue=3.65e-11; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057810317.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057810317.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057810317.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057810317.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810317.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3930576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr5:3930607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:3930737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C72
Chr5:3930769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr5:3930771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:3930801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C86
Chr5:3930823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:3930832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B27,C48
Chr5:3930894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C35
Chr5:3930912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C35
Chr5:3930959 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B78
Chr5:3930959 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810317.1
190 aa
N
1
95
190
C2
C
PF00168 C2 21-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810317.1 Pfam PF00168 C2 Domain 21 118 1.8e-10 41.6 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954334.1
ATGAGTGACGTGAATCGGCGGAGACGAGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGCTGCGAGAGATTGAAGTGCTAATCTACTCCGCGGAGGATCTGAAGAACGTGAAGCACGTGACGAAGATGAGGACGTTCGCGGAGGTCTACGTGGAGCGGAGCGTCCACGTGGCGAGAACACGCGTGGACGAGCACGGCGGCGCCGCCCCCGTCTGGAACGAGGTGGTGAAGGTCAGATTCCGCAGGGGGCTGCCGGAGAGAGACGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024797
ATGAGTGACGTGAATCGGCGGAGACGAGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGCTGCGAGAGATTGAAGTGCTAATCTACTCCGCGGAGGATCTGAAGAACGTGAAGCACGTGACGAAGATGAGGACGTTCGCGGAGGTCTACGTGGAGCGGAGCGTCCACGTGGCGAGAACACGCGTGGACGAGCACGGCGGCGCCGCCCCCGTCTGGAACGAGGTGGTGAAGGTCAGATTCCGCAGGGGGCTGCCGGAGAGAGACGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810317.1
MSDVNRRRRAAAAAEEELREIEVLIYSAEDLKNVKHVTKMRTFAEVYVERSVHVARTRVDEHGGAAPVWNEVVKVRFRRGLPERDVMAALNVDVYAHSHLGLERAVGSARVLLCDALSGGDAADPLDNPIQCLTLRVWRESGRPQGWLNLWVPPTGRFLSRRESLSFSVRERAAAAAEEAEEEEKRVGDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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