Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000645`

染色体: Chr05 坐标: 4889806-4890300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000645`
名称	SmilChr05G000645
描述	uncharacterized SmilChr05G000645
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4889806 - 4890300 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024813`
GeneID	`131024813`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024813`
原始查询	`LOC131024813`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=51; qcov=0.634; evalue=4.38e-25; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=58.3; qcov=0.878; evalue=4.24e-56; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024813

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810332.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057810332.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810332.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810332.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810332.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4889817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr5:4889820`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	28	A20,B106,B117,B121,B124,B20,B27,B32,B38,B42,B65,B68,B70,B71,B93,C24,C31,C4,C45,C54,C55,C58,C62,C63,C71,C73,C87,D5
`Chr5:4889829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,A3,C47
`Chr5:4889845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:4889849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B106,B94
`Chr5:4889862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B113
`Chr5:4889869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,A5,B114,B94
`Chr5:4889875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B60,B77,C21,C5
`Chr5:4889891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B40,B41
`Chr5:4889892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C19,C35,C64,C66,C76
`Chr5:4889894`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr5:4889895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,C47,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810332.1

164 aa

164

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 82-143 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810332.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	82	143	6.7e-23	82.1	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954349.1
ATGCGTCGTGCGTTGTTTTTGCGCATCGTTAATGCTGTCGCCTCCGATCCATACTTCCAACAACGCACGGATGCACTTGGGAGGCCCGGCTTCACGCCATTGCAAAAATGCATTGTCGCTGTTCGTATGCTAGCTAACGGTGGGGCAGCGGACCAATACGACGAGTATCTCCGGATTGCAGAGTCGATAGCGTTGGAGTGCTTGCGGAGATTCAGTCGTGCCATTATTCAACTCTTCGGCGCGGAGTACTTGAGGAGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024813
ATGCGTCGTGCGTTGTTTTTGCGCATCGTTAATGCTGTCGCCTCCGATCCATACTTCCAACAACGCACGGATGCACTTGGGAGGCCCGGCTTCACGCCATTGCAAAAATGCATTGTCGCTGTTCGTATGCTAGCTAACGGTGGGGCAGCGGACCAATACGACGAGTATCTCCGGATTGCAGAGTCGATAGCGTTGGAGTGCTTGCGGAGATTCAGTCGTGCCATTATTCAACTCTTCGGCGCGGAGTACTTGAGGAGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810332.1
MRRALFLRIVNAVASDPYFQQRTDALGRPGFTPLQKCIVAVRMLANGGAADQYDEYLRIAESIALECLRRFSRAIIQLFGAEYLRRPTSADCQRLLAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPTTWQGAYTCGDQGEPTIILDRPGNRVWFGYPTRKNRVPEPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器