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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003785

染色体: Chr05 坐标: 51170826-51173667 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003785
名称SmilChr05G003785
描述uncharacterized SmilChr05G003785
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向51170826 - 51173667 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024847
GeneID131024847
locus_tag-
NCBI NameLOC131024847
原始查询LOC131024847

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810363.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810363.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057810363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:51172214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B76
Chr5:51172258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B27,B52
Chr5:51172261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,C52,C59,C71
Chr5:51172286 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 13 A2,A20,A3,B10,B126,B49,B51,B58,B81,B87,C44,C76,D9
Chr5:51172290 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A11,A20,B112,B119,B126,B13,B140,B22,B33,B50,B76,B80,B98,C1,C25,C31,C35,C39,C44,C46,C48,C83,D2
Chr5:51172313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr5:51172318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B67
Chr5:51172347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C42
Chr5:51172357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B67
Chr5:51172369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C25
Chr5:51172426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B67
Chr5:51172479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,B82,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954381.1
GAATTCACATTTATACTTTCCGTAGCCCTAGTTACCCACCATTCCTCTTTCTTTCTTTTTCTCTTCTCTTTCTTCCTTTCTCTCTTTGTGTTTGTAACACCTCATTTCGCTACATTGTCTGCGAAAAATGTTTGGAATCCAAAAGATCGGTGTGGCAACTGTTGTTGAAGAAGATAATTCGGCATGTGCGGCATTGGAAATAAGGGGTTTATGCGCAATTATTGAAACACTAACATGGGGGTTATTCTCCAGATGAAGAC...
XM_057954380.1
GAATTCACATTTATACTTTCCGTAGCCCTAGTTACCCACCATTCCTCTTTCTTTCTTTTTCTCTTCTCTTTCTTCCTTTCTCTCTTTGTGTTTGTAACACCTCATTTCGCTACATTGTCTGCGAAAAATGTTTGGAATCCAAAAGATCGGTGTGGCAACTGTTGTTGAAGAAGATAATTCGGCATGTGCGGCATTGGAAATAAGATGAAGACTACGAGATGGAGGCGTGCTCCGATTCCGCCTCGGAATCGTTCGCCGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024847
ATGGAGGCGTGCTCCGATTCCGCCTCGGAATCGTTCGCCGATTCAGAAGCTTCCTCCGCCAAACTAGGAGATGATGCCACTGCCCAAAAGTTCCCCGTAGAGTTCTCGGACCCCACTGAAATCGAGGAACTACTCAACTTTCTCGACGAGGCATTGTGCAAAGCAGTCAACATACGTCGACGAAAGAATTTTCTCACAGGTAAAACCCTAGACCTTGCCTCTATTGAGCGTCTAGGTGTCAAGGACCGTTTTGTCGCATA...
LOC131024847
ATGGAGGCGTGCTCCGATTCCGCCTCGGAATCGTTCGCCGATTCAGAAGCTTCCTCCGCCAAACTAGGAGATGATGCCACTGCCCAAAAGTTCCCCGTAGAGTTCTCGGACCCCACTGAAATCGAGGAACTACTCAACTTTCTCGACGAGGCATTGTGCAAAGCAGTCAACATACGTCGACGAAAGAATTTTCTCACAGGTAAAACCCTAGACCTTGCCTCTATTGAGCGTCTAGGTGTCAAGGACCGTTTTGTCGCATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810363.1
MEACSDSASESFADSEASSAKLGDDATAQKFPVEFSDPTEIEELLNFLDEALCKAVNIRRRKNFLTGKTLDLASIERLGVKDRFVAYFERIGWSWLLCESSHPVYQELALEFFSTFKFVDTADLDKKCISFRLFNMHHDLSLSEWSVKLGICTLEEVVEHDFRAAYCGLDTVESDVGNAGRSWALLARSGASPFDASRSSVCEVVDPVLRMSPFSVL
XP_057810364.1
MEACSDSASESFADSEASSAKLGDDATAQKFPVEFSDPTEIEELLNFLDEALCKAVNIRRRKNFLTGKTLDLASIERLGVKDRFVAYFERIGWSWLLCESSHPVYQELALEFFSTFKFVDTADLDKKCISFRLFNMHHDLSLSEWSVKLGICTLEEVVEHDFRAAYCGLDTVESDVGNAGRSWALLARSGASPFDASRSSVCEVVDPVLRMSPFSVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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