Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002372`

染色体: Chr01 坐标: 40945935-40950772 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002372`
名称	SmilChr01G002372
描述	vesicle-associated protein 1-3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40945935 - 40950772 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024854`
GeneID	`131024854`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024854`
原始查询	`LOC131024854`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vesicle-associated protein 1-3-like
产物	vesicle-associated protein 1-3-like
Arabidopsis	`AT2G23830` (AT2G23830) PapD-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816915] identity=34.5; qcov=0.505; evalue=2.18e-11; confidence=low
Rice	`Os08g0155100` - identity=34.3; qcov=0.454; evalue=9.77e-12; confidence=low
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0061817 (GO:0061817); GO:0090158 (endoplasmic reticulum membrane organization)
KEGG	-
Pfam	PF00635 (Motile_Sperm)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057810387.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057810387.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.80000	`XP_057810387.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810387.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810387.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40946472`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A18,B38,B39,B48,B81,B84,C22,C5,C64,C66,D5
`Chr1:40948733`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B9,D6
`Chr1:40948733`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B9,D6
`Chr1:40950089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:40950096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C28
`Chr1:40950096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr1:40950384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B5,C71,D9
`Chr1:40950518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B76,C1,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810387.1

241 aa

120

241

Motile_Sperm

PF00635 Motile_Sperm 7-105 aa

XP_057810395.1

218 aa

109

218

Motile_Sperm

PF00635 Motile_Sperm 7-100 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810387.1`	Pfam	`PF00635`	Motile_Sperm	Domain	7	105	8.1e-15	55.4	MSP (Major sperm protein) domain
`XP_057810395.1`	Pfam	`PF00635`	Motile_Sperm	Domain	7	100	1.3e-14	54.7	MSP (Major sperm protein) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954412.1
TTCAAAATCTGATCAAAAGGGTTGCAGTTTTCTCTCTAAGAGAGAGAAGCGGTCGTTCCTTCTCTCTCATTCTACTGCAACTTGTTCTTCCCCTCCCTCTCTGCAATTTCCTCACTTTTATATATATTTATTCAGTTTTACGAATTCAACTCTTGAATTTGATTAGAAAAACTATTGGGTCCTTTTCTCTCAATATTTTTCAATGTCTTTGATTCTTTATTTCTCCTTATTTTTCTCCATTTCTACCTCAATTCTTCGTT...

XM_057954404.1
TCAAAATCTGATCAAAAGGGTTGCAGTTTTCTCTCTAAGAGAGAGAAGCGGTCGTTCCTTCTCTCTCATTCTACTGCAACTTGTTCTTCCCCTCCCTCTCTGCAATTTCCTCACTTTTATATATATTTATTCAGTTTTACGAATTCAACTCTTGAATTTGATTAGAAAAACTATTGGGTCCTTTTCTCTCAATATTTTTCAATGTCTTTGATTCTTTATTTCTCCTTATTTTTCTCCATTTCTACCTCAATTCTTCGTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024854
ATGCGCAGGCAGCAGCTTCTCCGCGTCGAACCTCGCGAGAAGCTCGTCTTTCGTATTGAGCAGAGGGGGGAAGCTTCTTCTACATTTCGAATATGGAATGACTCCCAATTTGTTGTTGCTTTTAAGGTTATGACCACAAATCGGTTGAGGTTCTCGGGTAACCCTAGTTATGGAATTCTGATTCCTGGGTCATATCGTGATGTAGACGTAACTGTGCATGGACAAGGGGAGTCTCTCTATAACATGCAACATGGAGATAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810387.1
MRRQQLLRVEPREKLVFRIEQRGEASSTFRIWNDSQFVVAFKVMTTNRLRFSGNPSYGILIPGSYRDVDVTVHGQGESLYNMQHGDRVTIKSLRASRNDTVESIRELFRERAHMVEDYKLRVVYALSIRQIGMIVVPACLTFWYYRAEILSRIRTLISLITILVVRMILWIMRNRALEAAEEWIKRTLLYLCLCFLVAVREYVLDLCLRWLGVIYEALLDLCAPLFLFVFGPQERRPRYRN

XP_057810395.1
MRRQQLLRVEPREKLVFRIEQRGEASSTFRIWNDSQFVVAFKVMTTNRLRFSGNPSYGILIPGSYRDVDVTVHGQGESLYNMQHGDRVTIKSLRASRNDTVESIRELIGMIVVPACLTFWYYRAEILSRIRTLISLITILVVRMILWIMRNRALEAAEEWIKRTLLYLCLCFLVAVREYVLDLCLRWLGVIYEALLDLCAPLFLFVFGPQERRPRYRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器