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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003796

染色体: Chr05 坐标: 51292161-51293120 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003796
名称SmilChr05G003796
描述probable steroid-binding protein 3
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向51292161 - 51293120 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024860
GeneID131024860
locus_tag-
NCBI NameLOC131024860
原始查询LOC131024860

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable steroid-binding protein 3
产物probable steroid-binding protein 3
ArabidopsisAT2G24940 (MAPR2)
membrane-associated progesterone binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817032]
identity=67; qcov=0.746; evalue=2.17e-45; confidence=medium
RiceOs02g0793700 (OsSBP)
-
identity=69.3; qcov=0.754; evalue=1.26e-48; confidence=medium
GOGO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00173 (Cyt-b5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057810390.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057810390.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810390.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810390.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810390.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:51292599 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 15 A19,A5,B10,B102,B17,B2,B26,B47,B62,B69,B76,C1,C44,C46,D4
Chr5:51292627 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 14 B108,B22,B36,B7,B8,B82,B91,C11,C15,C19,C30,C34,C52,C69
Chr5:51292643 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 C18,C30
Chr5:51292643 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 C18,C30
Chr5:51292766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810390.1
134 aa
N
1
67
134
Cyt-b5
C
PF00173 Cyt-b5 37-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810390.1 Pfam PF00173 Cyt-b5 Domain 37 125 2.6e-12 47.3 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954407.1
GGTAAGTTTTTATTCATTATTTAATTAAAAAAGTCAAAGATTCTTTACAAAAAAGTGGGACCCTTTCTCCACTCAACTAATAAAAATACATTTTTTCTTAAAACCCGTGTTTTTTTCCCTAGGCCTTTAATTGGTGGACGGATGGAGTACTAAGTAACTACTAATAGCCGTGGTTGAACATGGAGCCAAGACTTGCTTGAAAATGTGACTACAAATTTAGTAAAAATATAAAAATATGTGAGTCTCGCCTACCAATTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024860
ATGCAAAGGACCAAAGCCCATCCCTTGAACACCCTCACCAGACACCAATACTACACACACTCTCTCTCTCTTAATCCGAATTTCTCCAAGGGAAAATCAATGGAGCTCACTCCCAAGCAGCTGGAAGCCTACGATGGCTCCGATCCGTCGAAGCCCATCTATGTGGCCGTTCGCGGCAACATCTACGACGTCACCACCGGCAAGTCCTTCTACGGCCCCGGCGGCGCCTACGCCGTCTTCGCCGGCAAGGACGCCAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810390.1
MQRTKAHPLNTLTRHQYYTHSLSLNPNFSKGKSMELTPKQLEAYDGSDPSKPIYVAVRGNIYDVTTGKSFYGPGGAYAVFAGKDASRALAKMSKDESDVVPNLDGLTEKEIGVLVDWEKKFQDKYRVVGTVTNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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