同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003801

染色体: Chr05 坐标: 51337824-51340107 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003801
名称SmilChr05G003801
描述uncharacterized SmilChr05G003801
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向51337824 - 51340107 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024865
GeneID131024865
locus_tag-
NCBI NameLOC131024865
原始查询LOC131024865

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817023]; symbol=AT2G24860; hit=AT2G24860; species=arabidopsis; confidence=high
产物DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817023]; symbol=AT2G24860; hit=AT2G24860; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G24860 (AT2G24860)
DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817023]
identity=71.82; qcov=0.801; evalue=1.59e-54; confidence=high
RiceOs09g0423700
-
identity=74.0; qcov=0.728; evalue=1.28e-50; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024865

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810398.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057810398.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:51338127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:51338291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B66
Chr5:51338364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:51338404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B35
Chr5:51339838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B117,B25,B6,B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954415.1
GGCGGCAGGTAGAGGTGTTTGTCTTCACTTCTTCTTCGTAAAAGCGGGCGGAAGTTTCAGCATAACAGTTTTGCGCCACAATAAATTCTCATTTTAATTACAAAATCCCTGCAAAATTTAGCGCGTAGAAATCCAGCGGCGCCCCTCAAAATATCTTCTTTGTTCCTTATTTCGTTGCATCCGGTTTGAAACTTAGCACCTGTAATTTCTTTTGCGATCGTAGTTTGAGATTAGTTGGGCAGAAGAAATAGGAAAATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057810398.1_29653
ATGTCGAGCAGTAGCTGCTCTTGTTATAGACCCATGAATTTATATTCGGTGAAATTTGTTGCGCCGTCGAAAAAAGTGGTATTTGTTATGCCGAGGAGGATTGGTGTGAGAGCTTCAATGGTGGAATCATATGGGAGCTCTAATTTCGTGAACCGCATGGAACGTGCGTGGTTGATTTCTCAGCAACCAACGCCTGTTGCTTGTTCTTCATGCGACTCAAAGGGGCACGTTGAATGCAAATGGTGCAGTGGAACGGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810398.1
MSSSSCSCYRPMNLYSVKFVAPSKKVVFVMPRRIGVRASMVESYGSSNFVNRMERAWLISQQPTPVACSSCDSKGHVECKWCSGTGFFIIGDNMLCQVPSRNTTCVICTGKGSACCADCKGTGFRAKWLGEPPLTK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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