当前解析结果
SmilChr05G003915| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003915 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003915 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g63850 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 52874958 - 52878834 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024917 |
|---|---|
| GeneID | 131024917 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024917 |
| 原始查询 | LOC131024917 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g63850 |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At1g63850 |
| Arabidopsis | AT1G63850 (AT1G63850)BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842688] identity=64.3; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0579700- identity=65.2; qcov=0.89; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25553 (BTB-POZ_ANK-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024917 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810460.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057810460.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810460.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810460.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810460.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:52875407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,B42,B66,C77 |
Chr5:52875557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr5:52875566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr5:52875626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B48,B98,C33 |
Chr5:52875737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B46 |
Chr5:52875797 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:52875931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr5:52877460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr5:52877469 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,C40 |
Chr5:52877575 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr5:52877770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr5:52877797 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810460.1PF25553
BTB-POZ_ANK-like 337-563 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810460.1 |
Pfam | PF25553 |
BTB-POZ_ANK-like | Repeat | 337 | 563 | 3.1e-60 | 204.3 | BTB/POZ Ankyrin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。