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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003909

染色体: Chr05 坐标: 52815926-52820891 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003909
名称SmilChr05G003909
描述aspartate aminotransferase, cytoplasmic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向52815926 - 52820891 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024931
GeneID131024931
locus_tag-
NCBI NameLOC131024931
原始查询LOC131024931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartate aminotransferase, cytoplasmic-like
产物aspartate aminotransferase%2C cytoplasmic-like
ArabidopsisAT5G11520 (ASP3)
aspartate aminotransferase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831024]
identity=82.3; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0760600
-
identity=81.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004069 (L-aspartate:2-oxoglutarate transaminase activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGGsmil00220 (Arginine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00350 (Tyrosine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00400 (Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00950 (Isoquinoline alkaloid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00960 (Tropane, piperidine and pyridine alkaloid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01210 (2-Oxocarboxylic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024931

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057810474.1
2 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057810474.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057810474.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.60000 XP_057810474.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:52816107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B54,B68,C64,C66
Chr5:52818037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B91,C54,C77,D9
Chr5:52818290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B46
Chr5:52818800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B28,B89,C3
Chr5:52819138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B91,C54,C77,D9
Chr5:52819165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr5:52819707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:52819759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C54,D9
Chr5:52820647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810474.1
444 aa
N
1
222
444
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 70-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810474.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 70 436 5.4e-97 325.9 Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954491.1
CGTGCCAAACAAATTGCTGTCCGCCCCCATCTATGGACACGTCAGCAGCATTTCGTTCCTAAATATGAAGCCGCGCCGCACAGAGTCAAAGCTCAGACGATCGCATCCCCGCGTAATTTAGAAGAAGCAACCGTCACGTTCAGCTAAAATGCACGATTCACACTCGCCCGCTGATCGGAGGCTCAGCTCTCTGCTCCGCCACCTTCAAGGATCGCCGCTCCACGCAGCCAACCCCTGCCTCGCCGCCGCTCCCACTTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024931
ATGCACGATTCACACTCGCCCGCTGATCGGAGGCTCAGCTCTCTGCTCCGCCACCTTCAAGGATCGCCGCTCCACGCAGCCAACCCCTGCCTCGCCGCCGCTCCCACTTCCGCCGCTCGGATCTCCGTCTTTGATCATGTTGTTCGGGCGCCCGAAGACCCCATTCTCGGCGTTACTGTTGCTTACAACAAAGATCCGAGCCCCGTTAAGTTGAATTTGGGAGTTGGAGCGTATCGGACAGAGGAAGGAAAACCTCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810474.1
MHDSHSPADRRLSSLLRHLQGSPLHAANPCLAAAPTSAARISVFDHVVRAPEDPILGVTVAYNKDPSPVKLNLGVGAYRTEEGKPLVLNVVRKAEQMLVNDRSRVKEYLPIVGLADFNKLSAKLILGADSPAIQDNRVTTVQCLSGTGSLRVGAEFLARHYHQHTIYIPQPTWGNHVKVFGLAGLAVKTYRYYDPATRGLNFKGLLEDLASAPSGAIVLLHACAHNPTGVDPTAQEWEQIRQLMRSKALLPFFDSAYQGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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