Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003876`

染色体: Chr05 坐标: 52343266-52345595 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003876`
名称	SmilChr05G003876
描述	uncharacterized SmilChr05G003876
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	52343266 - 52345595 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024959`
GeneID	`131024959`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024959`
原始查询	`LOC131024959`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase I-associated factor PAF67 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832644]; symbol=AT5G25757; hit=AT5G25757; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA polymerase I-associated factor PAF67 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832644]; symbol=AT5G25757; hit=AT5G25757; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G25757` (AT5G25757) RNA polymerase I-associated factor PAF67 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832644] identity=82.2; qcov=1; evalue=3.75e-178; confidence=high
Rice	`Os01g0229100` (P0452F10.30-2) - identity=75.5; qcov=0.955; evalue=2.34e-160; confidence=high
GO	GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005852 (eukaryotic translation initiation factor 3 complex); GO:0006413 (translational initiation)
KEGG	-
Pfam	PF10255 (Paf67)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810532.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810532.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057810532.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810532.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810532.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:52343404`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B87,D9
`Chr5:52343445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B91
`Chr5:52343457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:52343640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B19,B59,B92
`Chr5:52343700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr5:52345289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C19,C41
`Chr5:52345383`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B77
`Chr5:52345383`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810532.1

287 aa

144

287

Paf67

PF10255 Paf67 108-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810532.1`	Pfam	`PF10255`	Paf67	Repeat	108	286	2e-72	245.2	RNA polymerase I-associated factor PAF67

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954549.1
TGATTAGGGCAAAACCCCGAACAAATTATCTCCCTTCATCTCTCTCACTCTCAAACACACAGACACGCACCGGAGACGCGAATTTGAGCCCCAGGCCGGAAGATTTTCTCCACCACTACCGCCACCATGGCCGGCGCGGCGCCGTACGACTCCGAGCAATCCGCACATGGCGACTCCGCCTCCGGCTACGACCCGAACTACGTGCCGGACTCCGTGAAGTCGTTTGTGGTGCACATGTACCGCCACATACGGGAGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024959
ATGGCCGGCGCGGCGCCGTACGACTCCGAGCAATCCGCACATGGCGACTCCGCCTCCGGCTACGACCCGAACTACGTGCCGGACTCCGTGAAGTCGTTTGTGGTGCACATGTACCGCCACATACGGGAGAAGAACGTCTACGAGATCCACCAGATGTACGAGACTTCGTTCCAGAGCATCAGCGATAGGTTCTTCAAGGACGCGCCGTGGCCGTCCGTCGACGCCGTCGCCACCTATGTCGACAACGACCACGTCTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810532.1
MAGAAPYDSEQSAHGDSASGYDPNYVPDSVKSFVVHMYRHIREKNVYEIHQMYETSFQSISDRFFKDAPWPSVDAVATYVDNDHVFCLLYREMWFRHLYARLSPTLKQRIDSWDNYCNLFQVVLHGVVNMQLPNQWLWDMVDEFVYQFQSFCQYRAKMKNKTEQEIALLRQYDQAWNVYGVLNYLQALVEKSSIIQILEQEKEGLVQFTATDGYDYSGGSNVLKVLGYFSMIGLLRVHCLLGDYHTGLKCILPIDISQQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器