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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003955`

染色体: Chr05 坐标: 53290835-53292831 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003955`
名称	SmilChr05G003955
描述	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	53290835 - 53292831 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024965`
GeneID	`131024965`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024965`
原始查询	`LOC131024965`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, chloroplastic
产物	2-C-methyl-D-erythritol 2%2C4-cyclodiphosphate synthase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G63970` (ISPF) isoprenoid F [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842700] identity=80.4; qcov=0.829; evalue=1.97e-109; confidence=high
Rice	`Os02g0680600` (OsIspF) - identity=70.5; qcov=1.01; evalue=6.24e-107; confidence=high
GO	GO:0008685 (2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity); GO:0016114 (terpenoid biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02542 (YgbB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810540.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057810540.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810540.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810540.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810540.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:53291056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,C14
`Chr5:53291081`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	67	A14,A18,A20,A22,A23,A3,A4,A5,B1,B102,B109,B111,B113,B117,B123,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B2,B23,B28,B41,B42,B43,B44,B51,B52,B54,B57,B60,B64,B67,B68,B70,B71,B75,B80,B81,B86,B95,C14,C24,C25,C3,C40,C53,C54,C55,C58,C64,C66,C67,C7,C77,C86,C87,C9,D7
`Chr5:53291083`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	67	A14,A18,A20,A22,A23,A3,A4,A5,B1,B102,B109,B111,B113,B117,B123,B126,B128,B129,B132,B133,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B2,B23,B28,B41,B42,B43,B44,B51,B52,B54,B57,B60,B64,B67,B68,B70,B71,B75,B80,B81,B86,B95,C14,C24,C25,C3,C40,C53,C54,C55,C58,C64,C66,C67,C7,C77,C86,C87,C9,D7
`Chr5:53291126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:53291951`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr5:53292471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr5:53292632`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	90	A11,A2,A20,A6,A7,B102,B104,B106,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B12,B122,B124,B125,B133,B137,B139,B16,B17,B2,B27,B31,B32,B33,B34,B36,B47,B49,B5,B56,B57,B61,B62,B64,B67,B68,B73,B76,B86,B88,B89,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C14,C15,C17,C21,C22,C25,C26,C3,C33,C37,C4,C40,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C54,C55,C57,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C7,C73,C76,C84,C86,C87,D1,D11,D2,D4
`Chr5:53292635`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	92	A11,A2,A20,A6,A7,B102,B104,B106,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B12,B122,B124,B125,B133,B137,B139,B16,B17,B2,B27,B31,B32,B33,B34,B36,B45,B47,B49,B5,B56,B57,B61,B62,B64,B67,B68,B73,B76,B86,B88,B89,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C14,C15,C17,C21,C22,C25,C26,C3,C33,C37,C4,C40,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C54,C55,C57,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C7,C70,C73,C76,C84,C86,C87,D1,D11,D2,D4
`Chr5:53292658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B67,D11
`Chr5:53292668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B90,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810540.1

234 aa

117

234

YgbB

PF02542 YgbB 78-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810540.1`	Pfam	`PF02542`	YgbB	Family	78	231	2.3e-61	207.4	YgbB family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954557.1
TGCCACGTGGCGCCACGAGCTGCCCCAGCACACATCATAATATCGAACGAGCTCCTCAAAATTCCCACTTACAACGGCTCATTCACCTTCCAAACCAGCAGCCAGAACCACACGCGCCGCCGCACGCGCCCACGAATTCTCCGATATGGCTATGGCTGGTTCCCTCTGCTACGCCGGCCCGCTTCCCATCAAGACCTCCTCAAAGCAACCCACCGTGCGATCACCCGGAGCGGGGCCGTGCGCAGCGCGAAACTTGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024965
ATGGCTATGGCTGGTTCCCTCTGCTACGCCGGCCCGCTTCCCATCAAGACCTCCTCAAAGCAACCCACCGTGCGATCACCCGGAGCGGGGCCGTGCGCAGCGCGAAACTTGCAGCTTCCCTCGTTGAAATTCGCGGCGAGACCGTCTTCCTCGACGGTGGTGGCGGCCGCCGCGAGCACGGTGGGAGCAGAGACTCAGTCCGGAGCTGCAACTCCGGCGAAGGTTCTGCCTTTCCGCGTCGGCCACGGATTTGACCTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810540.1
MAMAGSLCYAGPLPIKTSSKQPTVRSPGAGPCAARNLQLPSLKFAARPSSSTVVAAAASTVGAETQSGAATPAKVLPFRVGHGFDLHRLEPGYPLIIGGINIPHDRGCEAHSDGDVLLHCVVDAILGALGLPDIGQIFPDTDPKWKGAASCVFVEEAVRLMHEAGYELGNLDATLILQRPKLSPHKETMRANLCKLLGADPSVVNLKAKTHEKVDSLGENRSIAAHTVVLLFRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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