Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002386`

染色体: Chr01 坐标: 41098661-41108346 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002386`
名称	SmilChr01G002386
描述	uncharacterized SmilChr01G002386
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	41098661 - 41108346 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024986`
GeneID	`131024986`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024986`
原始查询	`LOC131024986`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827349]; symbol=AT4G16510; hit=AT4G16510; species=arabidopsis; confidence=high
产物	YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827349]; symbol=AT4G16510; hit=AT4G16510; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G16510` (AT4G16510) YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827349] identity=72.7; qcov=0.991; evalue=5.78e-118; confidence=high
Rice	`Os02g0662200` - identity=61.1; qcov=1.02; evalue=2.3e-102; confidence=high
GO	GO:0002161 (aminoacyl-tRNA deacylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04073 (tRNA_edit)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057810569.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057810569.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057810569.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810569.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810569.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:41098857`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	B118,B124,B128,B20,B37,B65,B99,C13,C20,C83,C85
`Chr1:41098976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B68,B83,C42
`Chr1:41100424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:41106188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B37,C18
`Chr1:41106211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:41106323`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	A13,B104,B128,B40,C30
`Chr1:41106323`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A13,B104,B128,B40,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810569.1

225 aa

112

225

tRNA_edit

PF04073 tRNA_edit 85-211 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810569.1`	Pfam	`PF04073`	tRNA_edit	Family	85	211	3.1e-08	34.4	Aminoacyl-tRNA editing domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954586.1
TAGAAGCAAAACAATTTTCGAGCCCAAAATAAAGTAACGCTAAATTGGTAATAGAAAGGAGAGAGAGGGGGAGAGGCACACGACGCTGAACCGGGAAGACAGCTGAAGAGTGATGGGAGCTGTGGCGGAGCTAGAGAGACTGCAAACTCTAATCCTCCAGCGCATATCGGACCTTGAGCTCTCTTACTTACCCCAATCCTTCTCCCACTCTCTCTCTCTCTCCGATGACTCTACCACCACTGAAGCCCGCCTCTCCGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024986
ATGGGAGCTGTGGCGGAGCTAGAGAGACTGCAAACTCTAATCCTCCAGCGCATATCGGACCTTGAGCTCTCTTACTTACCCCAATCCTTCTCCCACTCTCTCTCTCTCTCCGATGACTCTACCACCACTGAAGCCCGCCTCTCCGCCATCCTTCTTGCTAACGCAGTTCGAGACTTCTCCTTCAAGCGCGTCCCCTCCGATTACTACGACTGGACCCTCGAAGCCCGCCGAGACGTCCTCGGCGCCTCCTCCATTCACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810569.1
MGAVAELERLQTLILQRISDLELSYLPQSFSHSLSLSDDSTTTEARLSAILLANAVRDFSFKRVPSDYYDWTLEARRDVLGASSIHHLCKSIVLVNTQAPTDVTDCSNRNYSKYYVVVVQYTARFNAETVKNFLYTLNDGKISKKKFNLRLAPEETSMKLTGYEHNGVTCIGMKTDIPVILDEAIVKLNPDFFWLGGGEIDLKLGIKTSEFINYIKPFIINCSST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器