当前解析结果
SmilChr05G003973| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003973 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003973 |
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 1C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 53530986 - 53532513 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025041 |
|---|---|
| GeneID | 131025041 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025041 |
| 原始查询 | LOC131025041 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 1C-like |
| 产物 | dehydration-responsive element-binding protein 1C-like |
| Arabidopsis | AT4G25470 (CBF2)C-repeat/DRE binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828651] identity=54; qcov=1.09; evalue=2.73e-69; confidence=high |
| Rice | Os04g0572400 (OsDREB1E)- identity=45.6; qcov=1.04; evalue=2.86e-46; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025041 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810615.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810615.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810615.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810615.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057810615.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:53531683 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B122,D5 |
Chr5:53531683 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B122,D5 |
Chr5:53531776 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr5:53531800 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 34 | A19,B103,B115,B137,B24,B28,B30,B37,B39,B43,B49,B53,B56,B58,B63,B64,B69,B78,B79,B88,B9,B90,B92,C1,C18,C20,C32,C51,C53,C62,C68,C71,C75,C85 |
Chr5:53532046 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:53532047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B40 |
Chr5:53532226 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A11,A2,A3,B106,B118,B123,B127,B132,B25,B27,B34,B51,B55,B97,C10,C13,C23,C42,C48,C49,C59,C74,C79,C81,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810615.1PF00847
AP2 45-95 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810615.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 45 | 95 | 3.2e-15 | 56.9 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。