当前解析结果
SmilChr05G004016| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004016 |
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 54142108 - 54151263 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025081 |
|---|---|
| GeneID | 131025081 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025081 |
| 原始查询 | LOC131025081 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 产物 | glycosyltransferase BC10-like |
| Arabidopsis | AT1G68390 (AT1G68390)Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843168] identity=64; qcov=0.675; evalue=5.19e-149; confidence=high |
| Rice | Os03g0731050- identity=54.5; qcov=0.689; evalue=2.53e-127; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02485 (Branch) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025081 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057810666.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057810666.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810666.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810666.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810666.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:54142211 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | B109,B110,B125,B135,B139,B18,B20,B31,B45,B67,B79,B98,C16,C30,C39,C52,C60 |
Chr5:54148127 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,B77 |
Chr5:54148142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr5:54148144 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr5:54148148 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr5:54148166 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr5:54148207 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr5:54148215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,C8,D3 |
Chr5:54148217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr5:54148221 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C65 |
Chr5:54148221 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr5:54148403 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810666.1PF02485
Branch 187-414 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810666.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 187 | 414 | 8.8e-83 | 278.4 | Core-2/I-Branching enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。