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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002401

染色体: Chr01 坐标: 41357291-41358965 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002401
名称SmilChr01G002401
描述probable pectin methylesterase CGR2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41357291 - 41358965 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025084
GeneID131025084
locus_tag-
NCBI NameLOC131025084
原始查询LOC131025084

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable pectin methylesterase CGR2
产物probable pectin methylesterase CGR2
ArabidopsisAT3G49720 (AT3G49720)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824134]
identity=57.1; qcov=1; evalue=3.42e-52; confidence=high
RiceOs01g0144000
-
identity=47.5; qcov=0.979; evalue=1.63e-36; confidence=medium
GOGO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0045488 (pectin metabolic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057810673.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057810673.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810673.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810673.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810673.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41357738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:41357769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C10
Chr1:41358562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:41358650 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B126,B9,B95,C44
Chr1:41358650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B9,B95,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954690.1
AAAAGGCTGTCTTTAGTTTTGATCATCATTCACTAAAGGTCTCTGTGCTTCCTGGCTTCAAAAACTTGTCCTTATCTTCTGGTCCTTTCAATCCTCGGCAGGTTCTTCAAACTCTTAAGCGATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCCTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCATTGCTGGTTGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025084
ATGTCAAGAAGACCCAATGCTGCTCGCCGTATTGGAGATGGCGGGAGCATTCCCTTTGTCGGGGCATTGCATTCCAAGGCCCAAACTTCTCCACTATTATCCATTGGAATTTTTGTTGTGGGAGCATTGCTGGTTGTTGGTTATCTTTATCACAGTTCAGGTAGCAGGAGTGGTGACATAAATAGTTTAAGTAGACTTGAAGGTGGTGTTTCTTGTACTCTAGAAGTTCAGAAAATAATACCTATTCTGAAGAAAACATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810673.1
MSRRPNAARRIGDGGSIPFVGALHSKAQTSPLLSIGIFVVGALLVVGYLYHSSGSRSGDINSLSRLEGGVSCTLEVQKIIPILKKTYGDSMKKVLQVGPETCSVVSQLLKQEDTEVWGIEPYELDDADASCKLVVCRVLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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