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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004046

染色体: Chr05 坐标: 54433584-54440175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004046
名称SmilChr05G004046
描述nuclear poly(A) polymerase 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54433584 - 54440175 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025107
GeneID131025107
locus_tag-
NCBI NameLOC131025107
原始查询LOC131025107

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear poly(A) polymerase 1
产物nuclear poly(A) polymerase 1
ArabidopsisAT1G17980 (PAPS1)
poly(A) polymerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838378]
identity=73.3; qcov=0.681; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0227400
-
identity=63.3; qcov=0.686; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006378 (GO:0006378); GO:1990817 (poly(A) RNA polymerase activity)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01909 (NTP_transf_2); PF04926 (PAP_RNA-bind); PF04928 (PAP_central); PF20750 (PAP_NTPase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810699.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057810699.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057810699.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810699.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54433841 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B58
Chr5:54433841 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B58
Chr5:54434005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C50
Chr5:54434266 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 B135,B35,B53,B93,C14,C46,C48,C71,C8,C85,D3
Chr5:54434296 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A23,B120,C42
Chr5:54434296 T TA 1bp_insertion CDS_variant 3 A23,B120,C42
Chr5:54434340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B53,B81,C29
Chr5:54434359 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B33,B78,C23,C75
Chr5:54434359 T TA 1bp_insertion CDS_variant 4 B33,B78,C23,C75
Chr5:54434381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:54434554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,B55
Chr5:54434658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810699.1
740 aa
N
1
370
740
PAP_NTPase
NTP_transf_2
PAP_central
PAP_RNA-bind
PAP_RNA-bind
C
PF20750 PAP_NTPase 16-210 aa PF01909 NTP_transf_2 89-161 aa PF04928 PAP_central 215-359 aa PF04926 PAP_RNA-bind 363-421 aa PF04926 PAP_RNA-bind 421-492 aa
XP_057810700.1
727 aa
N
1
364
727
PAP_NTPase
NTP_transf_2
PAP_central
PAP_RNA-bind
PAP_RNA-bind
C
PF20750 PAP_NTPase 16-210 aa PF01909 NTP_transf_2 89-161 aa PF04928 PAP_central 215-359 aa PF04926 PAP_RNA-bind 363-421 aa PF04926 PAP_RNA-bind 421-492 aa
XP_057810701.1
727 aa
N
1
364
727
PAP_NTPase
NTP_transf_2
PAP_central
PAP_RNA-bind
PAP_RNA-bind
C
PF20750 PAP_NTPase 16-210 aa PF01909 NTP_transf_2 89-161 aa PF04928 PAP_central 215-359 aa PF04926 PAP_RNA-bind 363-421 aa PF04926 PAP_RNA-bind 421-492 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810699.1 Pfam PF20750 PAP_NTPase Domain 16 210 4.1e-77 259.2 Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain
XP_057810699.1 Pfam PF01909 NTP_transf_2 Domain 89 161 2.8e-09 37.9 Nucleotidyltransferase domain
XP_057810699.1 Pfam PF04928 PAP_central Domain 215 359 5.7e-69 231.2 Poly(A) polymerase central domain
XP_057810699.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 363 421 4.6e-19 69.5 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
XP_057810699.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 421 492 4.6e-19 69.5 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
XP_057810700.1 Pfam PF20750 PAP_NTPase Domain 16 210 4.2e-77 259.1 Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain
XP_057810700.1 Pfam PF01909 NTP_transf_2 Domain 89 161 2.7e-09 38.0 Nucleotidyltransferase domain
XP_057810700.1 Pfam PF04928 PAP_central Domain 215 359 5.6e-69 231.2 Poly(A) polymerase central domain
XP_057810700.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 363 421 4.5e-19 69.6 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
XP_057810700.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 421 492 4.5e-19 69.6 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
XP_057810701.1 Pfam PF20750 PAP_NTPase Domain 16 210 4.2e-77 259.1 Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain
XP_057810701.1 Pfam PF01909 NTP_transf_2 Domain 89 161 2.7e-09 38.0 Nucleotidyltransferase domain
XP_057810701.1 Pfam PF04928 PAP_central Domain 215 359 5.6e-69 231.2 Poly(A) polymerase central domain
XP_057810701.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 363 421 4.5e-19 69.6 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
XP_057810701.1 Pfam PF04926 PAP_RNA-bind Domain 421 492 4.5e-19 69.6 Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954717.1
TATTTTAATTAGAATATAACTGCATAATAATAAGAGGCGTGGTTTAATAAATTTAATTTTAACCTAGTTTCGTAATATTTTCACCTAAAAAGTCTTTACCGACGTTTCCTATAATATTACCCCGGTTTTGTCCCTTCTTTTCTGACTTATTTATACTTATTATTTATTTATTTATTATTATTTGCTCGTCACCAATTATTTGTGCATATTTCTCCGATTATTATCTCCGCCTTCCCGCACTCGCCGACTCTCCTCCTGTA...
XM_057954718.1
CCCTTCTTTTCTGACTTATTTATACTTATTATTTATTTATTTATTATTATTTGCTCGTCACCAATTATTTGTGCATATTTCTCCGATTATTATCTCCGCCTTCCCGCACTCGCCGACTCTCCTCCTGGATTTATACTGTTTCCAGAGGACCCAAAGGCCTCATCGAGAACGAAATCCAGAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAATCGAATACCGGGGTATCGCTCGATGTACTTTTGGGTTTTCAATTTTAGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025107
ATGGGTAGCCCTGGATCAAGTGCTTTGGCTACTGCAACTCGTGTTGGATTATCCGAGCCCATCTCGACTGGCGGCCCTTCAGAATCTGATGTTTCTAAGACTCGCGAGTTAGAAAAGTTTCTTGTAGATGCGGGATTGTATGAAAGTCATGAAGAAGCTATCAAAAGAGAGGAAGTTCTTGGTAGATTAGACCAGATTGTCAAGACATGGGTGAAGAATATTAGCCGTGTTAGAGGTTATAATGGGTCGGTGATCCAAGA...
LOC131025107
ATGGGTAGCCCTGGATCAAGTGCTTTGGCTACTGCAACTCGTGTTGGATTATCCGAGCCCATCTCGACTGGCGGCCCTTCAGAATCTGATGTTTCTAAGACTCGCGAGTTAGAAAAGTTTCTTGTAGATGCGGGATTGTATGAAAGTCATGAAGAAGCTATCAAAAGAGAGGAAGTTCTTGGTAGATTAGACCAGATTGTCAAGACATGGGTGAAGAATATTAGCCGTGTTAGAGGTTATAATGGGTCGGTGATCCAAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810699.1
MGSPGSSALATATRVGLSEPISTGGPSESDVSKTRELEKFLVDAGLYESHEEAIKREEVLGRLDQIVKTWVKNISRVRGYNGSVIQEANAKIFTFGSYRLGVHGPGADIDTLCVGPKYATRNEDFFGELYRMLSEMHEVQELHPVPDAHVPVMRFKFNGVSIDLLYANVSLWIIPEDLDISQESILQNVDDQTVRSLNGCRVTDQILRLVPNIQSFRTTLRCMRLWAKRRGVYSNVTGFLGGINWALLVARICQLYPNAL...
XP_057810700.1
MGSPGSSALATATRVGLSEPISTGGPSESDVSKTRELEKFLVDAGLYESHEEAIKREEVLGRLDQIVKTWVKNISRVRGYNGSVIQEANAKIFTFGSYRLGVHGPGADIDTLCVGPKYATRNEDFFGELYRMLSEMHEVQELHPVPDAHVPVMRFKFNGVSIDLLYANVSLWIIPEDLDISQESILQNVDDQTVRSLNGCRVTDQILRLVPNIQSFRTTLRCMRLWAKRRGVYSNVTGFLGGINWALLVARICQLYPNAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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