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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004047

染色体: Chr05 坐标: 54442411-54446383 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004047
名称SmilChr05G004047
描述fructose-bisphosphate aldolase 3, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54442411 - 54446383 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025108
GeneID131025108
locus_tag-
NCBI NameLOC131025108
原始查询LOC131025108

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述fructose-bisphosphate aldolase 3, chloroplastic-like
产物fructose-bisphosphate aldolase 3%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G01140 (PDE345)
Aldolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814643]
identity=85.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0118000
-
identity=84.1; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004332 (fructose-bisphosphate aldolase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0030388 (fructose 1,6-bisphosphate metabolic process)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00274 (Glycolytic)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810702.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057810702.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810702.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810702.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810702.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54442741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B76,B84
Chr5:54442795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B65,C44,C69
Chr5:54442862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr5:54442865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr5:54442904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C27
Chr5:54443041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr5:54443049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:54443118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:54443204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C70
Chr5:54443209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr5:54443215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B56,B96
Chr5:54443225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810702.1
393 aa
N
1
196
393
Glycolytic
C
PF00274 Glycolytic 49-393 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810702.1 Pfam PF00274 Glycolytic Domain 49 393 2.6e-160 533.7 Fructose-bisphosphate aldolase class-I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954719.1
GTTAAAATTGGCTCTTTATTTTTGCTATATCTTCAATGACACTAATTCTAATTCTAAGACACAAAATAAAATTACACGAACATAATTTAACCAATGAAAACAGATGCACATGCACCCAATTCTAATTCTAAATTCCTAATCTAGCTGCAAAAGCTACGCACGCACAAGCACACTCTCAATTCTTTTACCACAAAACCCTGTCCAGCGCCGCCGCCCATCACCCAACAGCCGTTCCCGTCCGCCGGCGCCACCGCCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025108
ATGGCTTGCTCAAGTGTGGTCAAACTCAACGCCGCCTCCTCCTCGTGGATCGCAGGCCAGAATTCGTTCAATAAGCCGACCGGATCGTCGGCGGGATTCCCCAACCGCCGCGTTTCCGTCATCCGCGCCGGATCTTACACCGACGAGCTCCTCAAGACCGCTAAATCGATTGCATCTCCTGGTCGGGGAATCCTTGCAATTGATGAATCCAATGCAACGTGCGGAAAGAGGTTGGCCTCCATTGGACTTGACAACACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810702.1
MACSSVVKLNAASSSWIAGQNSFNKPTGSSAGFPNRRVSVIRAGSYTDELLKTAKSIASPGRGILAIDESNATCGKRLASIGLDNTETNRQAYRQLLLTTPGLGDYISGAIMFEETLYQSTTDGKKFVDCLHAENIVPGIKVDKGLVPLPGSNNESWCQGLDGLASRSAEYYKQGARFAKWRTVVSIPCGPSALAVKEAAWGLARYAAISQDNGLVPIVEPEILLDGDHSIDRTLEVAERVWAEVFYYLAENNVVFEGIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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