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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004053

染色体: Chr05 坐标: 54498761-54501562 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004053
名称SmilChr05G004053
描述protein DETOXIFICATION 16-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54498761 - 54501562 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025114
GeneID131025114
locus_tag-
NCBI NameLOC131025114
原始查询LOC131025114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 16-like
产物protein DETOXIFICATION 16-like
ArabidopsisAT5G52450 (AT5G52450)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835321]
identity=57.7; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0494400
-
identity=59.5; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057810712.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057810712.1
3 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057810712.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810712.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810712.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54499479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:54499555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B122,B138,C31,C71
Chr5:54499606 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A22,B106,B16,B18,B36,C25,C45,C73
Chr5:54499611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:54499676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:54499700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C16
Chr5:54500069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B72,B90,B92,C21
Chr5:54500183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B138,C31,C71,D1
Chr5:54500211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B72,B90,C21,C52
Chr5:54500242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B140,C82,D7
Chr5:54500318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:54500337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B115,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810712.1
488 aa
N
1
244
488
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 47-207 aa PF01554 MatE 269-431 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810712.1 Pfam PF01554 MatE Family 47 207 9.3e-59 198.4 MatE
XP_057810712.1 Pfam PF01554 MatE Family 269 431 9.3e-59 198.4 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102086.1
TTTACAAACTACACCTAACCACTCCCATGTGGGAACCCACTCTCATCAAGATAATTAGATTTATCAAATGATCTCTGCATATTGCAAGCTTTGAGAGTTGAGAGAGAGAGCTAATGAAGATGAGAGAGAAAGGATCACAACCTCTAATTACAAACCAAGAAACCAGAAGCCATGATGGAGATGAAGATAAATGCAGGTTTGGAAGTAAAGAATTTATGGAGGAAGGAAAGCAGCAGCTGGGATTGGCTATACCCCTCATA...
XR_009102087.1
TTTACAAACTACACCTAACCACTCCCATGTGGGAACCCACTCTCATCAAGATAATTAGATTTATCAAATGATCTCTGCATATTGCAAGCTTTGAGAGTTGAGAGAGAGAGCTAATGAAGATGAGAGAGAAAGGATCACAACCTCTAATTACAAACCAAGAAACCAGAAGCCATGATGGAGATGAAGATAAATGCAGGTTTGGAAGTAAAGAATTTATGGAGGAAGGAAAGCAGCAGCTGGGATTGGCTATACCCCTCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025114
ATGAAGATGAGAGAGAAAGGATCACAACCTCTAATTACAAACCAAGAAACCAGAAGCCATGATGGAGATGAAGATAAATGCAGGTTTGGAAGTAAAGAATTTATGGAGGAAGGAAAGCAGCAGCTGGGATTGGCTATACCCCTCATAGCAGTAAACATGCTTCTCTACTGTTTACAAGTCATCTCTTTGATGTTTGTTGGCCACCTTGGTGAGCTGCAGCTCTCCAGCGCTTCCATGGCCACTTCTTTTGCTGCAGTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810712.1
MKMREKGSQPLITNQETRSHDGDEDKCRFGSKEFMEEGKQQLGLAIPLIAVNMLLYCLQVISLMFVGHLGELQLSSASMATSFAAVTGFSVLLGMGSALETLCGQAYGAKQYQMLGVYTQRGAVVVLALSIGLAVVWYNTCFILVGLGQDHDIAAGAGEFNRWMIPGLFAYGILQCLIRFLQAQNIVLPMMITSGVTGVLHVFLCWLLVFKLEFGSRGAAMANAASYWINVVLLALYVSCFSSACAESFTGFSREAFDDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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