Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004078`

染色体: Chr05 坐标: 54651798-54653950 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004078`
名称	SmilChr05G004078
描述	protein PIN-LIKES 2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54651798 - 54653950 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025141`
GeneID	`131025141`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025141`
原始查询	`LOC131025141`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PIN-LIKES 2-like
产物	protein PIN-LIKES 2-like
Arabidopsis	`AT1G71090` (AT1G71090) Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843449] identity=59.6; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0191000` (OsPILS2) - identity=59.8; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0080162 (endoplasmic reticulum to cytosol auxin transport)
KEGG	-
Pfam	PF03547 (Mem_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057810742.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057810742.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057810742.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057810742.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810742.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54652224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B55,C35
`Chr5:54652295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B30,C12,C5
`Chr5:54652469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr5:54652509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr5:54652541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B55
`Chr5:54652541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr5:54652608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B30,C12,C5
`Chr5:54652633`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr5:54652641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,D11
`Chr5:54652657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,C62,C77
`Chr5:54652697`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	21	A14,A25,B103,B123,B127,B133,B139,B81,B91,C1,C18,C2,C25,C28,C4,C51,C53,C65,C80,C86,C9
`Chr5:54652712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B129,B85,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810742.1

402 aa

201

402

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 12-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810742.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	12	394	3.2e-87	293.1	Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954759.1
TTGACGATAACAAATGCGGATTCGCCTCACCCTTAAAAGAAATCAAATAATTTATTCCAAAACAAAAAAAGAAGAAAGAAAATAAATGTTTAAAAAAGTAAATCAAGTGAATCATAAATGGAGAGAAGAAATTAAAATAATTTTAACATGGAAAGAAATTAAATTATGTTATTGACTAGTAAGCAGAAGTGGCATGATATAAACCATAATCCGCCACCTTCTCGTGATTCAATCTACAAATTCATGTGCAGAATCCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025141
ATGATACACAGCAAAATCGATGGTTTGAGCGCGATTTTGCCTTTGCTGAAGCTACTCTGCCTTACATTAATCGGATTAATTCTTGGACACCGGAGAACTCAAATCGTCCCAAAAGCTACATTCAAGCTACTGAGCAAGCTCGTATTCGCTCTCTTCCTGCCCTGCCTCACTTTCATCCATTTAGGGCAATCCATCACGGTCGAGAACATTAGGCAATGGTGGTTCATTCCTGTCAATGTGTTAGTGAGCAGTGCAGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810742.1
MIHSKIDGLSAILPLLKLLCLTLIGLILGHRRTQIVPKATFKLLSKLVFALFLPCLTFIHLGQSITVENIRQWWFIPVNVLVSSAVGLVLGVLVVIICRPPPQYSRFTITMTAFGNTGNLPLAIVGSVCHGEGNLFGPDCKKKGVAYVSFAQCVSVILVYTVVYHMMEPPLEYFEMVEGGEKEEQQSSVELSESLSGVEDQETQDCKTPFVATIDDGVRAVEADRKMRIVAEQTPIQHILQPPTVASLLAIIVGMIPQIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器