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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004109

染色体: Chr05 坐标: 54936067-54955346 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004109
名称SmilChr05G004109
描述uncharacterized SmilChr05G004109
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54936067 - 54955346 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025171
GeneID131025171
locus_tag-
NCBI NameLOC131025171
原始查询LOC131025171

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribonuclease H2 subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008148]; symbol=AT4G20325; hit=AT4G20325; species=arabidopsis; confidence=high
产物ribonuclease H2 subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008148]; symbol=AT4G20325; hit=AT4G20325; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G20325 (AT4G20325)
ribonuclease H2 subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008148]
identity=56.5; qcov=0.996; evalue=5.39e-112; confidence=high
RiceOs04g0476400
-
identity=56.1; qcov=0.351; evalue=1.48e-30; confidence=low
GOGO:0005654 (nucleoplasm); GO:0006401 (RNA catabolic process); GO:0009259 (ribonucleotide metabolic process); GO:0032299 (ribonuclease H2 complex)
KEGGsmil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF09468 (RNase_H2-Ydr279); PF17745 (Ydr279_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810789.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057810789.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810789.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810789.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810789.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54936604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C38
Chr5:54938965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B135,B73,C38,D1
Chr5:54938971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:54938976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B112,B16,C42
Chr5:54939012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:54939222 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A18,B133,B91,C37
Chr5:54939222 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 A18,B133,B91,C37
Chr5:54939780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B53,B76,C12,C86,D10
Chr5:54939781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C12,C44,D10,D11
Chr5:54939786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B41,C35
Chr5:54939790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B1,B110
Chr5:54939794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810789.1
312 aa
N
1
156
312
Ydr279_N
RNase_H2-Ydr279
C
PF17745 Ydr279_N 23-81 aa PF09468 RNase_H2-Ydr279 84-170 aa
XP_057810790.1
312 aa
N
1
156
312
Ydr279_N
RNase_H2-Ydr279
C
PF17745 Ydr279_N 23-81 aa PF09468 RNase_H2-Ydr279 84-170 aa
XP_057810791.1
294 aa
N
1
147
294
Ydr279_N
RNase_H2-Ydr279
C
PF17745 Ydr279_N 23-81 aa PF09468 RNase_H2-Ydr279 84-169 aa
XP_057810792.1
288 aa
N
1
144
288
Ydr279_N
RNase_H2-Ydr279
C
PF17745 Ydr279_N 23-81 aa PF09468 RNase_H2-Ydr279 84-169 aa
XP_057810793.1
279 aa
N
1
140
279
Ydr279_N
RNase_H2-Ydr279
C
PF17745 Ydr279_N 23-81 aa PF09468 RNase_H2-Ydr279 84-169 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810789.1 Pfam PF17745 Ydr279_N Domain 23 81 4.8e-11 43.5 Ydr279p protein triple barrel domain
XP_057810789.1 Pfam PF09468 RNase_H2-Ydr279 Domain 84 170 8.7e-10 40.0 Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain
XP_057810790.1 Pfam PF17745 Ydr279_N Domain 23 81 4.8e-11 43.5 Ydr279p protein triple barrel domain
XP_057810790.1 Pfam PF09468 RNase_H2-Ydr279 Domain 84 170 8.7e-10 40.0 Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain
XP_057810791.1 Pfam PF17745 Ydr279_N Domain 23 81 4.4e-11 43.6 Ydr279p protein triple barrel domain
XP_057810791.1 Pfam PF09468 RNase_H2-Ydr279 Domain 84 169 8.9e-10 40.0 Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain
XP_057810792.1 Pfam PF17745 Ydr279_N Domain 23 81 4.3e-11 43.7 Ydr279p protein triple barrel domain
XP_057810792.1 Pfam PF09468 RNase_H2-Ydr279 Domain 84 169 8.8e-10 40.0 Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain
XP_057810793.1 Pfam PF17745 Ydr279_N Domain 23 81 4e-11 43.7 Ydr279p protein triple barrel domain
XP_057810793.1 Pfam PF09468 RNase_H2-Ydr279 Domain 84 169 8.2e-10 40.1 Ydr279p protein family (RNase H2 complex component) wHTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954810.1
GCCATCCCTAAGTAGGATGGAGGGAGTAACGTCTCAGTGTTGCTATCAAAGAAAGTAAGTAGTAGTAACTTCCAATATTTTGGACGTCATTTTGAACACTCCGCAATGAAAATGGCGCGCTGCCCGCCAAAACAGCTTGCCCTAAAAGCTGAAATTTAGGGTTTTAGATTTCAAAAATCAAACTGCACTATTCTTTCTCTGGAGTTGAAATTTCGCGTGAAGAAATCCCTTCCTGCACTCTACCTCCAATTTCGTCGGCG...
XM_057954806.1
CAGTGTTGCTATCAAAGAAAGTAAGTAGTAGTAACTTCCAATATTTTGGACGTCATTTTGAACACTCCGCAATGAAAATGGCGCGCTGCCCGCCAAAACAGCTTGCCCTAAAAGCTGAAATTTAGGGTTTTAGATTTCAAAAATCAAACTGCACTATTCTTTCTCTGGAGTTGAAATTTCGCGTGAAGAAATCCCTTCCTGCACTCTACCTCCAATTTCGTCGGCGAGATTGTATCAGTAGCTCGAAATGGCTTGGTGGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131025171
ATGGCTTGGTGGGAAGGCTTAGATGAAACTCGAGTTCTGATTGCACAAGATCCTTCTACTAGCGGGAAAAATCAGGGTTCATTTTTATCACTACGGCATCCGAGAACAGGGAACAAAGCGTGCTACCTCTGTGCTGATGGGGTACTTCAAGAGCTTCACTGGTTTAAGCAATCTTATGGATCCTGGTTCCTTGGGGATTATGTTTGTGAAGATGGCCGTTTGTATACTGCCACTCCCGTTGATCCTGTTTTCATTCTTTT...
LOC131025171
ATGGCTTGGTGGGAAGGCTTAGATGAAACTCGAGTTCTGATTGCACAAGATCCTTCTACTAGCGGGAAAAATCAGGGTTCATTTTTATCACTACGGCATCCGAGAACAGGGAACAAAGCGTGCTACCTCTGTGCTGATGGGGTACTTCAAGAGCTTCACTGGTTTAAGCAATCTTATGGATCCTGGTTCCTTGGGGATTATGTTTGTGAAGATGGCCGTTTGTATACTGCCACTCCCGTTGATCCTGTTTTCATTCTTTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057810789.1
MAWWEGLDETRVLIAQDPSTSGKNQGSFLSLRHPRTGNKACYLCADGVLQELHWFKQSYGSWFLGDYVCEDGRLYTATPVDPVFILLPVFEEARMKKGNEAGKFRQLDEIMYIHGFPGYQSLSSVAEKAMEVVCDLKEVGSTKFFRLDDLKVLKWLCYKVQQLKQTLQTLDKNYAARDEKDTLFDAVTIIREYLKDEPWINLLCNKLKLNVEDLTKTQDVAVLPPSTGNDLGSFTSVQESNGTGKNASRTTRQQAKKAKV...
XP_057810790.1
MAWWEGLDETRVLIAQDPSTSGKNQGSFLSLRHPRTGNKACYLCADGVLQELHWFKQSYGSWFLGDYVCEDGRLYTATPVDPVFILLPVFEEARMKKGNEAGKFRQLDEIMYIHGFPGYQSLSSVAEKAMEVVCDLKEVGSTKFFRLDDLKVLKWLCYKVQQLKQTLQTLDKNYAARDEKDTLFDAVTIIREYLKDEPWINLLCNKLKLNVEDLTKTQDVAVLPPSTGNDLGSFTSVQESNGTGKNASRTTRQQAKKAKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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