Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004119`

染色体: Chr05 坐标: 55103044-55105906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004119`
名称	SmilChr05G004119
描述	uncharacterized SmilChr05G004119
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55103044 - 55105906 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025178`
GeneID	`131025178`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025178`
原始查询	`LOC131025178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837959]; symbol=AT1G13990; hit=AT1G13990; species=arabidopsis; confidence=high
产物	plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837959]; symbol=AT1G13990; hit=AT1G13990; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G13990` (AT1G13990) plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837959] identity=59.9; qcov=1.03; evalue=7.66e-103; confidence=high
Rice	`Os03g0168200` (OSJNBa0091P11.31) - identity=67; qcov=0.696; evalue=4.22e-89; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025178

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810799.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057810799.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810799.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810799.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810799.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55103479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr5:55103530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B45,C52
`Chr5:55103583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,B9
`Chr5:55103600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:55103613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	C43,C57,C64,C66,C76,D4
`Chr5:55103655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C64,C66
`Chr5:55103655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr5:55103665`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	55	A18,A2,A9,B1,B100,B106,B11,B112,B118,B119,B126,B130,B132,B134,B139,B14,B19,B21,B22,B27,B30,B32,B34,B47,B48,B50,B57,B59,B62,B67,B7,B72,B80,B90,B92,B97,B98,C13,C15,C2,C25,C32,C42,C48,C5,C63,C68,C71,C77,C79,C86,C87,D1,D10,D4
`Chr5:55103699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:55103714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,B94
`Chr5:55103751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B36,B37
`Chr5:55103755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,C11,C16,C33,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954816.1
TTTTTGGTTCAGATAATAATATAAATATTATTTATCGCTCTAGAACTCTCCCAAAATGAAACAATATAAGATACGGTTGAAATCTCTTTTTCGCCCTTATATTTTCCGCGAGAGTGTGAGAGCTAGCGCGACACGTGGAGCGTCGTTGCCACGGAATTCAAAGATTTGGGGCTCCGACTTTGACCCGCGAGCCGTGTCCAATTTCCATTTTTCGACTGCGCCGACCCGACCCGACCCGGCGCGAACGCAGACCGGAAAAT...

XM_057954817.1
AATATAAATATTATTTATCGCTCTAGAACTCTCCCAAAATGAAACAATATAAGATACGGTTGAAATCTCTTTTTCGCCCTTATATTTTCCGCGAGAGTGTGAGAGCTAGCGCGACACGTGGAGCGTCGTTGCCACGGAATTCAAAGATTTGGGGCTCCGACTTTGACCCGCGAGCCGTGTCCAATTTCCATTTTTCGACTGCGCCGACCCGACCCGACCCGGCGCGAACGCAGACCGGAAAATATCTGAAGATTCCGCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025178
ATGGATTCCCTGTCATCGGTATCACCGTCTATCGTGCTCCCGCTCCGCCGCCACCACCACTACCACCGCCGGCGGCCGAGGTGTGCGTCGTTTACATGCAGAAAATCCGTTGGCGGATTTGGAATGTCCTTTGATTTCCGTGGAAGGAACCAGAACGCGCGAGTTTGCTCCAAATTGGGCGGGGAAGGTGAACAGGAGGGAGAAAATCAACGGCGAGATGAGGAGTTGGAGAGAGCGCTGCGGATGGACGGCACGATCCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810799.1
MDSLSSVSPSIVLPLRRHHHYHRRRPRCASFTCRKSVGGFGMSFDFRGRNQNARVCSKLGGEGEQEGENQRRDEELERALRMDGTIPGSSDEFVKQVSSRAYDMRRHLQQSFDSSSYDVLEANPWRETSKSVYVLTHQENQLCTMKTRRNRSEVEKELGLLFSKGGKQRNQSKQPGASTKFQMLVEDVREGVLVFEDQNEAARYCDLLQGGGQDCEGVAEIEASSVFDLCQKNRALAVLFRRGRTPPMPESLKLNLGARK...

XP_057810800.1
MDSLSSVSPSIVLPLRRHHHYHRRRPRCASFTCRKSVGGFGMSFDFRGRNQNARVCSKLGGEGEQEGENQRRDEELERALRMDGTIPGSSDEFVKQVSSRAYDMRRHLQQSFDSSSYDVLEANPWRETSKSVYVLTHQENQLCTMKTRRNRSEVEKELGLLFSKGGKQRNQSKQPGASTKFQMLVEDVREGVLVFEDQNEAARYCDLLQGGGQDCEGVAEIEASSVFDLCQKNRALAVLFRRGRTPPMPESLKLNLGARK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器