Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004127`

染色体: Chr05 坐标: 55190813-55193509 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004127`
名称	SmilChr05G004127
描述	transcription factor MYB16-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55190813 - 55193509 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025187`
GeneID	`131025187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025187`
原始查询	`LOC131025187`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB16-like
产物	transcription factor MYB16-like
Arabidopsis	`AT5G15310` (MYB16) myb domain protein 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831383] identity=71.5; qcov=0.63; evalue=1.42e-78; confidence=high
Rice	`Os08g0433400` (P0431A03.19-1) - identity=60.6; qcov=0.863; evalue=1.17e-81; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810813.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810813.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810813.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810813.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057810813.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55190911`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B138,B31,C52
`Chr5:55190911`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B138,B31,C52
`Chr5:55191030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B113,B36,B37,B40
`Chr5:55191111`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	18	A20,A23,B105,B111,B112,B121,B35,B54,B60,B74,B77,C24,C43,C50,C53,C57,C64,C66
`Chr5:55191113`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	18	A20,A23,B105,B111,B112,B121,B35,B54,B60,B74,B77,C24,C43,C50,C53,C57,C64,C66
`Chr5:55191149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr5:55191165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr5:55191177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55191279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:55191307`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B97
`Chr5:55191307`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B97
`Chr5:55191354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B26,B52,B61,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810813.1

262 aa

131

262

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 14-62 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-78 aa PF00249 Myb_DNA-binding 68-113 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-118 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810813.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	14	62	3.3e-31	107.9	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057810813.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	17	78	1.2e-21	77.3	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057810813.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	68	113	3.3e-31	107.9	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057810813.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	71	118	1.2e-21	77.3	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954830.1
TCTCTCTAGCAAGCTTTCTCTCAGTAGAAATGGGAAGGCTACCGAAGCACGATAAGATGGGCATGAAGAAAGGGCCATGGACGCCTGAAGAAGATCTCAAGCTCTCTACTTTCATTCTTCAAAACAACACCCATGGCTCCTGGTCAACCCTCCCTTCTAAAGCTGGGCTGCAGAGATGTGGGAAAAGCTGTAGACTAAGGTGGATAAATTATTTGAGGCCAGATATCAAGAGAGGCGACTTCAGCTTACAAGAAGAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025187
ATGGGAAGGCTACCGAAGCACGATAAGATGGGCATGAAGAAAGGGCCATGGACGCCTGAAGAAGATCTCAAGCTCTCTACTTTCATTCTTCAAAACAACACCCATGGCTCCTGGTCAACCCTCCCTTCTAAAGCTGGGCTGCAGAGATGTGGGAAAAGCTGTAGACTAAGGTGGATAAATTATTTGAGGCCAGATATCAAGAGAGGCGACTTCAGCTTACAAGAAGAGCAGTCTATTATTCAACTTCACGCCCTTCTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810813.1
MGRLPKHDKMGMKKGPWTPEEDLKLSTFILQNNTHGSWSTLPSKAGLQRCGKSCRLRWINYLRPDIKRGDFSLQEEQSIIQLHALLGNRWSTIASQLPKRTDNEIKNYWNTHLKKKLTKMGIDPVTHMPNHQQPKYFTNLCHVAQWESARLQAEARLSNPNCAAKAPPPPPRCLDVLKVWVEANPGIEISNAMFNGFLASNDQPQNSTGNHRDDWVKGTMKNSHKIEEHTYPDTNYFIEEGDDLFSCWNVLEDGHLNCWD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器