Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004158`

染色体: Chr05 坐标: 55494715-55498328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004158`
名称	SmilChr05G004158
描述	uncharacterized SmilChr05G004158
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55494715 - 55498328 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025213`
GeneID	`131025213`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025213`
原始查询	`LOC131025213`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991]; symbol=AT1G14300; hit=AT1G14300; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991]; symbol=AT1G14300; hit=AT1G14300; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G14300` (AT1G14300) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991] identity=70.5; qcov=1; evalue=1.41e-171; confidence=high
Rice	`Os10g0406800` - identity=57.6; qcov=1.02; evalue=1.02e-125; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04063 (DUF383); PF04064 (DUF384)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057810850.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057810850.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057810850.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810850.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810850.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55494963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr5:55495139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C60
`Chr5:55496568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55496845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr5:55497322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr5:55497903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B119,B65
`Chr5:55498214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810850.1

336 aa

168

336

DUF383

DUF384

PF04063 DUF383 101-269 aa PF04064 DUF384 276-325 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810850.1`	Pfam	`PF04063`	DUF383	Repeat	101	269	2e-37	129.5	Domain of unknown function (DUF383)
`XP_057810850.1`	Pfam	`PF04064`	DUF384	Family	276	325	2.1e-13	50.6	Domain of unknown function (DUF384)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954867.1
TTGACCTCTAATTAAATTTAACTCATTTCCTCTGCAACTGCTAGTCGTTGCTCAAAAACCTTCGAGCAGCAGCAGCAATGGCGACGGAGCTAGAAGAACTCATCGGCTTTCTCTCACATGATTCTCCACCTATTAAAAAGGCCGCGGTAAATATTTTTCGGGATTATACGGGTTCAGAAGATGGACTACAGTCTCTCGGGAAATATTCCGCCGTCGCCGTTCCGTCGCTGTGCCGCCTCCTTGCTGAGAAAAAGGAAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025213
ATGGCGACGGAGCTAGAAGAACTCATCGGCTTTCTCTCACATGATTCTCCACCTATTAAAAAGGCCGCGGTAAATATTTTTCGGGATTATACGGGTTCAGAAGATGGACTACAGTCTCTCGGGAAATATTCCGCCGTCGCCGTTCCGTCGCTGTGCCGCCTCCTTGCTGAGAAAAAGGAAGTGTCTGAACCTGCCGCAGAAGCCCTTGTTAATTTGTCGCAAGTTCCAGATTTAGCGGGAAAGATGGTTGAGATGGGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810850.1
MATELEELIGFLSHDSPPIKKAAVNIFRDYTGSEDGLQSLGKYSAVAVPSLCRLLAEKKEVSEPAAEALVNLSQVPDLAGKMVEMGIVKIVMDMLYKIDCDIKHLLVMLIVNITQLDAGIESLLQNGDEKMQGLYIMKLVRSFCASSSERKGDDPFEHVASILVNISQKEAGRKLLLEPKRGLLKQIIRQFDSPSPLRKKGVSGTIRNCCFEAENQLQNLLLVSEFLWPALLLPVAGNKIYSEQDTSKMPPELGSALSIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器